一、土壤有害微生物的积累
因为设施土壤一年四季均具有病原菌生长繁殖的适宜温度，使得土壤中病原菌数量不断增加，同时设施栽培中化肥的过多使用也导致土壤中病原拮抗菌的减少，更加助长了病原菌的繁殖。
二、土壤理化性状变劣
连作土壤种植作物种类单一，而作物对营养和肥料的吸收具有选择性，因此多年连作以后势必造成土壤中养分的比例失调，尤其是一些微量元素缺乏。设施栽培中普遍存在超量施肥和不平衡施肥现象，也容易造成土壤养分失衡，破坏土壤的物理结构，带来酸化、板结、次生盐渍化等一系列问题。
三、蔬菜的自毒作用
一些植物可通过地上部淋溶、根系分泌物和植物残茬腐解等途径来释放一些物质对同茬或下茬同种或同科植物生长产生抑制作用。
