土壤肥力下降，主要有三个方面的原因：
一是我国现有的耕地数量少，土地复种指数高，土壤的高强度使用使之得不到休养。
二是长期以来，我国实行作物重茬，这种耕作方式容易滋生病虫害，使得土壤土传病害日益蔓延和加重。
三是长期不科学地施用化肥和农药，导致土壤中的各种有毒有害物质累积得越来越多，一些农药残留甚至进入了水体和食物链，并造成食品的安全隐患。
耕地质量下降，跟其中有用的土壤微生物菌落的减少不无关系。一个高肥力的土壤必须具有良好的团粒结构，为作物调控适宜的水、肥、气、热，为作物转化、保存并持续提供所需营养元素，其中发挥作用的就是土壤中生活的、每克土以亿计的微生物的作用。现在，我们种地多施用的是化肥，有机肥用得少，有机肥实际上是土壤中微生物的养料，有机肥少了，土壤中的有机物流失了，微生物也就少了，而对于化学物质要求多的微生物则变多了，由此形成恶性循环，土壤肥力也就越来越差。如果不加改善的话，情况会越来越严重。
如何让微生物发挥作用
微生物将有机质分解，释放出营养元素，一面供植物利用，一面又合成自身细胞，保存营养元素不流失;微生物死亡后，营养元素又可被矿物化让植物利用，微生物不断循环过程，活化土壤。
而让微生物繁殖的重要条件，就是要多施用有机肥，有机肥中的有机质有利于微生物的生长，它是微生物的养料。有机肥的使用，是减少化肥依赖、培肥土壤的一条有效途径。多施用有机肥，实行秸秆还田，这也是我们农民几千年实践积累的经验。
而要让微生物充分发挥作用，从根本上解决土壤的质量问题，必须在耕作制度和科学种植理念上做出改变。比如，未来发展，我们可以实行种地与养地相结合、豆科作物与其他作物间套轮作、豆科和禾科作物间作混播的科学合理的耕种方式，让土地尽可能地得到休养生息。
此外，还要倡导科学施肥。化肥对粮食增产的贡献非常大，科学施肥不是说不让施化肥，而是主张化肥和有机肥一起施。按照标准科学配比，达到增产增收又不污染环境的目的。
