我国农业由于长期、大量并依赖性地使用化学肥料，已经将我们本来健康肥沃的土地“喂”得板结、酸化、盐渍化、地力衰竭，其恶化程度触目惊心!土壤污染、水污染、大气污染、各种病害，其严重程度令人发指!农民感受颇深的“增加化肥用量不增加产量”甚至“化肥用得越多，产量越低”、农产品重金属严重超标、品质恶化、销售困难、效益低等等“乱象”已成了普遍现象，土壤危机、农业危机已为我们国家的粮食安全、食品安全乃至国民经济可持续发展敲响了警钟!
在大量的农村实地调研中我们发现，原本用100斤的化肥现在已经用到了200斤甚至300斤，不仅不增产而且还减产。大田作物尚且如此，何况保护地作物的小环境(尤其是蔬菜果树大棚)。其实我们的土壤缺乏的不是“肥力”，而真正缺乏的是“地力”!而土壤缺乏地力的根本原因则在于土壤缺乏有机质和微生物!土壤改良势在必行由于农田土壤的污染具有累积性、滞后性及隐蔽性等特点，使得农田土壤污染难以被发现，一旦发现就代表农田土壤污染已经到了严重的地步，而这时的农田土壤污染危害重、修复成本高、治理难。因此，必须坚持“预防为主、保护为主”的理念，实现对农田土壤污染的预防、保障农产品安全、保护生态环境。扭转传统“只用不养”的农田使用理念，推动种养一体化生态农业模式，减少化肥、农药等的使用;改进施肥方式，根据土壤情况、作物生长规律和需肥特点，有机肥和化肥结合，减少肥料、高毒农药的使用，提高化肥的利用率，增加作物产量及品质。同时针对重金属污染、酸化、盐渍化的农田，可以使用土壤修复菌剂，通过微生物代谢产生的物质，改善土壤理化性质，增加土壤缓冲能力，恢复土壤pH值到正常范围，络合固化重金属，降低重金属的有效性。
土壤微生物群驱动农业生态系统中的关键功能，决定了土壤肥力、作物产量和胁迫耐受性。
世界上大约20亿公顷土地(占种植面积的38%)因土壤板结、侵蚀、压实、盐碱化、酸化、水涝、污染、有机物流失和养分失衡而退化。土壤是一种不可再生资源，其特点是形成和再生速度极慢，所以退化的土壤问题尤为严重。因此，土壤退化会对农业生态系统产生长远的影响。
一般而言，土壤生物多样性，尤其是微生物多样性，是土壤过程的主要驱动力，对维持农业生产至关重要。
