土壤中一切肉眼看不见或看不清楚的微小生物的总称，包括细菌、放线菌、古菌、真菌、病毒、原生动物和显微藻类，一般只能在实验室借助显微镜或电子显微镜观察，以微米或纳米作为测量单位。土壤微生物是土壤生物中数量最多的一类，且大部分在土壤中营腐生生活，需依靠现成的有机物取得能量和营养成分。它们在土壤中的数量常与土壤有机质的含量有关，因而在表层土壤中的发育量常高于其他层次。
土壤微生物在土壤中的作用
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作为土壤的活跃组成，土壤微生物的区系组成、生物量及其生命活动与土壤的形成和发育密切相关。
2
参与土壤有机物质的矿化和腐殖质化过程，同时通过同化作用合成多糖类和其他复杂有机物质，影响土壤的结构和耕性。土壤微生物的代谢产物还能促进土壤中难溶性物质的溶解，并参与土壤中各种物质的氧化还原反应，对营养元素的有效化也有一定作用。
3
参与土壤中的碳素循环、氮素循环和其他矿质元素循环，提高植物营养元素的有效性。
4
某些微生物可借助其体内的固氮酶将空气中的游离氮分子转化为氮化物。
5
与植物根部营养关系密切。植物根际微生物以及与植物共生的微生物，如根瘤菌、菌根真菌等能为植物提供氮素、磷素和其他矿质营养元素以及有机酸、氨基酸、维生素、生长激素等各种有机营养。
6
能为工农业生产和医药卫生事业提供有效菌种，培育高效菌剂，如已应用于农业的有根瘤菌剂、固氮菌剂和抗生菌剂等。
7
某些抗生性微生物能防治土传病原菌对作物的危害。
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降解土壤中残留的有机农药、城市污物和工业废弃物等，降低残毒危害，以及用于沼气发酵、提供生物能源和有机肥料等。
