一、耕作层变浅
在长期不深耕、不深松，机械耕作碾压践踏的情形下，许多耕地的土壤耕作层由过去20-30公分减至15公分以下。
加之降雨、灌水沉实，“犁底层”位置上移并加厚，成为坚硬深厚的阻隔层，阻碍了土壤水分、养分和空气的上下运行，作物根系下扎延伸受阻，土壤蓄水减少、抗旱性能下降，土壤养分有效性减少、作物营养状况恶化。
二、土壤有机质减少
一是长期不施或少施农家肥，缺少秸秆还田，不种植绿肥，土壤有机质得不到补充;二是超量施用化学氮肥，以及超出土壤负荷的高产;频繁的表土耕翻，加剧土壤碳的耗竭，致使土壤有机质含量减少。
土壤有机质的减少会引发土壤结构破坏和土壤板结，使土壤肥力下降，生物性质恶化，土壤酸化和次生盐碱化，土传病害加剧，土壤净化能力减退等。
三、土壤板结
由于耕地土壤有机质缺乏，加上不合理的耕作和灌溉，大量施用化肥，导致土壤酸化，土壤次生盐碱化，破坏了土壤团粒结，致使土壤板结。
土壤板结直接导致土壤和植物系统缺氧、缺水、缺肥，影响土壤和植物系统的物质转化和能量交换。
四、土壤酸化
长期过量使用生理酸性肥料和化学氮肥，土壤中的酸性物质不断积累，土壤中的钙镁等碱性物质缺乏必要的调节和补充，使土壤出现酸化现象。
土壤酸化会加速土壤贫瘠化，土壤有害重金属活化，土壤有害微生物增加，最终导致土传病害发生。
五、土壤次生盐碱化
由于长期过量使用化学肥料，使土壤中的盐分不断积累，尤其硝酸盐。这些盐分随土壤水分上行聚集到地表，形成土壤表层次生盐碱化，土壤结构遭破坏，理化生物性质恶化。
轻则影响种子发芽出苗，阻碍养分吸收，作物生长不良;重则造成作物生理干旱，营养障碍、盐害甚至死亡。
六、土壤营养失调
生产中不按作物所需营养元素比例施肥，不作测土配方施肥，盲目过量施用氮磷钾，不施或少施有机肥和中微量元素肥，造成土壤中氮、磷富集，钾、硅、钙、镁、硼、锌、铁、钼等中微量元素耗竭。
氮磷钾比例失调，中微量元素间营养比例失调，导致土壤营养元素拮抗，有肥而无用。
七、土壤污染
农业系统外的“三废”污染，过量化肥、农药、农膜残留污染，未经处理的有机肥污染，以及有害病原物等污染时常会进入耕地土壤。
当这些污染物残留的累积超出土壤自净化能力后就会“溢出”，造成耕地土壤的重金属、有机污染物和致病生物超标。
耕地土壤被污染后，会破坏土壤生态平衡，使土壤有益生物大量死亡，土壤生物种群减少，土壤理化生物性质恶化，土壤活性下降。
八、土壤侵蚀
耕地土壤侵蚀主要表现有水蚀、风蚀和耕蚀。
坡地土壤垦殖过度，使水土流失;垦后缺乏坡改梯、水平沟耕作、植物篱等保护性耕作措施;随意挖地耕翻，造成耕蚀，加剧了风蚀、水蚀。
长期水土的流失导致土壤沙化，土层变薄，养分流失，保水保肥能力降低。
九、土壤、植物系统病
由于连续在同一块耕地上种植同一种或同科作物，作物根系分泌物、残留物和某些病原生物在土壤中大量积累，致使土壤营养失衡。
土壤微生物生态群落被破坏，土壤对“有害微生物”的净化能力或抑制作用下降。
土壤、植物系统病的根源在土壤，表现在作物，当有病的土壤遇到免疫力差的植物，即会以植物病的形式表现出来，生产上常称作重茬病、连作障碍、再植障碍。
十、设施农业土壤综合症
在高度集约化、高复种指数、高强度利用、高频度人为干扰，过量施肥，过量用药，过量灌水，过度耕作与践踏等强烈干扰和巨大压力下，设施土壤健康急剧恶化。
许多耕地种植2-3年，就出现土壤结构破坏，土壤营养失衡，土壤酸化，土壤次生盐碱化，土壤有害物质积累，土壤微生物种群多样性和功能退化等一系列土壤病。
