虽然，近些年来我国土壤修复行业得到一定的发展，但仍面临很多问题亟待解决。
1土壤污染详细情况有待进一步摸清
2014年4月17日环境保护部和国土资源部已经发布《全国土壤污染状况调查公报》，明确全国土壤总的点位超标率为16.1%，耕地土壤的点位超标率为19.4%，林地和草地土壤的点位超标率分别为10.0%和10.4%，但是，由于全国普查点位密度小，无法进行污染详查，因此一定范围内的土壤污染详细情况仍需进一步摸清。
2016年10月20日，国务院下发了《国务院关于开展第二次全国污染源普查的通知》(国发〔2016〕59号)，指出根据《全国污染源普查条例》规定，国务院决定于2017年开展第二次全国污染源普查，并明确了普查目的和意义、普查对象和内容、普查时间安排、普查组织和实施、普查经费保障、普查工作要求等内容。后来，国家生态环境部先后组织多次第二次全国污染源普查暨全国土壤污染状况详查工作推进视频会议，统筹推进普查、详查工作。
2018年12月15日，国家生态环境部组织召开第二次全国污染源普查暨全国土壤污染状况详查工作推进视频会议。生态环境部部长李干杰强调，要严格质量管理，凝练调查成果，扎实推进第二次全国污染源普查和全国土壤污染状况详查，为改善生态环境质量、服务管理决策、打好污染防治攻坚战提供基础支撑。李干杰指出，开展第二次全国污染源普查和全国土壤污染状况详查，是党中央、国务院作出的重大决策部署，是打好打胜污染防治攻坚战的重要举措。其中，第二次全国污染源普查是依据《全国污染源普查条例》，为全面摸清建设“美丽中国”生态环境家底开展的一次重大国情调查。全国土壤污染状况详查是《土壤污染防治行动计划》明确的首要任务，也是土壤环境管理领域重要的基础性工作。
目前，第二次全国污染源普查暨全国土壤污染状况详查工作正在进行。截至2020年8月，尚未看到相关方公布普查、详查结果。
2土壤污染防治政策、法规、标准亟须完善
2018年8月31日，十三届全国人大常委会第五次会议全票通过了土壤污染防治法，自2019年1月1日起施行。虽然《土壤污染防治法》已经出台，但是基于目前土壤污染的严峻形势和复杂程度，现行技术政策、标准是否符合各地实际情况，在制订有针对性、具有可操作性的技术政策、标准方面尚存差距。我国正在建立和完善土壤污染综合防治体系，包括法律法规与管理体系、标准体系、监测监控体系等。
由于针对土壤污染防治与控制方面的法律法规以及相关标准尚不完善，缺乏对污染事故责任、处罚等方面的规定，因此极大限制了土填修复产业的推进，具有巨大潜力的社会资本投资呈现观望状态，延缓了它们对土壤修复市场的参与度。同时，土壤环境质量标准不完善也成为污染土壤修复效果检验和评价的瓶颈。我国尚未形成污染土壤风险管理的相关方法体系和法规保障体系。这些工作都是我国土壤环境保护工作的重要内容，亟待解决。
3土壤污染防治与修复技术研究基础薄弱
目前土壤修复技术复杂，门类众多，涉及多个学科领域，且我国土壤修复起步较晚，目前真正经济有效可持续性的技术路线较少，总体研究基础薄弱。我国污染土壤修复技术种类单一，缺乏应用性的修复材料，而且修复技术缺乏针对性、适用性和整体性，大多停留在实验室阶段，工程应用与装备严重不足，设备、药剂大部分依赖进口。虽然国家层面已于2014年发布了《污染场地修复技术目录(第一批)》、2015年发布了《污染场地修复技术筛选指南》(CAEPI1-2015)，但是仍然比较粗略，我国仍然缺乏详细有效的技术筛选体系，缺乏对研发的支持和引导。现有的已工程化的技术远不能满足国内土壤修复要求，因此，在加强技术自主研发的同时，要注重国外先进技术的消化吸收和再创新，加强搭建土壤修复的国际交流与合作平台，加快推进我国土壤修复新技术开发及产业化应用。
4土壤污染修复设备化、工程化、产业化研究滞后
我国开展污染土壤及场地修复技术研究比欧美发达国家晚20年，在修复技术、装备及规模化应用上还存在较大差距，制约了技术的规模化应用和产业化发展。技术支撑方面：快捷、原位的修复技术严重不足，修复技术体系尚待完善。技术装备方面：支持快速修复的自主研究设备刚刚开始。技术产业方面：缺乏规模化应用及产业化运作的技术支撑。
5土壤污染防治与修复资金不明确
土壤污染防治资金需求量很大。由于我国至今还没有出台土壤污染防治法规，因此土壤污染的法律责任主体、污染者应承担的法律责任和义务等问题缺乏明确的界定，防治资金短缺是土壤污染防治中的一大难点。首先，土壤污染的责任主体不明确。出于历史原因，我国土壤污染主体大多是各类国有工厂，经过多轮的改制重组，产权关系、债权债务、工农关系等历史问题十分复杂，搬迁及治理费用高，就业安置补偿难度很大，难以用传统的“污染者负担”的原则去追究责任人，即便产权明晰的，也很难有能力再去支付高额的土壤修复费用。目前少数比较成熟的商业化项目，主要依托于房地产，由房地产开发商埋单。其次，大面积的农田土壤污染修复费用极大，但目前缺乏责任人。目前土壤污染的修复费用大部分由政府承担。
6土壤环境保护管理体制不完善
当前，土壤环境保护的行政管理体制尚不完善，体制功能发挥受到严重限制。土壤环境管理涉及的部门(包括国上、环保、农业等)太多，监管职权分散，部门协调联动缺乏制度保障和约束机制。监督机制缺失，对污染者缺乏惩治手段。
因此，需采取行之有效的措施，改革与创新土壤环境保护管理体制，明确环境保护部门和资源开发部门之间的职责分工，建立协同行政管理机制。
