一、先认识有益土壤的微生物的类别：
有益土壤微生物除了转变有机质为肥分之外，它对促进植物生长贡献很大，依其功用来分类，可略分如下：
1、固氮菌群：固态自然界氮分子为氮源，制造肥份。
2、硝酸菌群：转变有毒氨气为硝酸态氮。供植物吸收。
3、溶磷菌群：解开土壤不溶性磷酸盐，转为磷，铁，钙肥。
4、酵母菌群：制造维生素，生长促进素，分解有机物，增加抗病力。
5、乳酸菌群：分泌有机酸，提高植物抗病力。
6、光合成菌群：制造葡萄糖，分泌类胡萝卜素，消除硫化氢，氨气(解毒造肥)等有毒物质产生。
7、放线菌群：长期分泌定量抗生物质，抑制病害。
8、生长菌群：长期分泌定量植物生长荷尔蒙，促进根，茎，叶生长。
二、施用有机肥别忘了“土壤微生物”
现今农业界常有一种错误的观念，就是以为施用鸡粪，猪粪或其他生肥，如鱼粉，米糠之类的有机质就是道地的有机农业了，其实这些生肥材质并不能为植物所吸收，反而造成腐败与病虫害的衍生，所以我们常说一定要腐熟发酵后才能使用!有机质必须经过微生物分解成可溶于水的营养成分之后，才能为植物所吸收，同时微生物也必须靠这些物质分解时，取得能量与养分才能大量繁殖以发挥其功能，只有当有机物与有益微生物同时并存时，才能使植物体健康成长。因此，有机农业的运用除了施用有机肥外，千万别忘了土壤微生物群。
三、有机物的利害关键：
土壤中除了有益微生物之外，也有病原菌及病虫害的同时存在，这一些微生物同样地会利用有机质来大理繁殖，其结果除了造成作物的病害之外，同时也招来虫害与蚊蝇。
因此，有机物的施加必须配合以有益微生物来对抗病原菌才能有助于作物。现今的农地，因为滥用化学农药与肥料，天然的有益土壤微生物都被毒杀尽，而牵强的病原菌则相对地肆决猖獗，在耕地上占其优势，因此如果一味地施加有机物于如此恶劣条件的耕地上的话，反而会助长病原菌的滋长而造成更严重的病害。前人利用鸡粪种植蔬菜水果都没问题，而今日却变成严重病害的祸源，其前后差异只在土壤微生物相的恶习化所致。
四、有益微生物施用的种类越多越好
土壤有益微生物的种类越多越好，就象人类社会中需要各种人物一样以相辅相成协力合作的方式生活在一起，才能使每个人的特殊才能发挥出来。例如多糖类(米，麦，高梁)，麦菌利用其能量而分解为单糖，这些用过的产物(单糖)，又成为酵母菌的食物，酵母菌分解利用过的单糖，被转化为酒精而遗弃，但这些酒精则又适合醋酸菌的需要，它又被醋酸菌利用之后，终被转为醋酸。酵母菌发酵时，产生的废气(二氧化碳)又为光合成菌取用为制造葡萄糖的原料。微生物群如此相辅相成的生活在一起，因此施用微生物时，单一菌种的施用，其效果远不如综合微生物群的施用。
五、有益微生物乃是植物共生的伙伴
传统想法中，根的功用是植物体定着基点，同时用以吸收无机养分及水分的器官。这一种传统的想法，对现今面临永续性地力的困难问题，则提不出充分合理的说明来。为什么植物所需的水分，无机肥分充分供应之后，植物仍旧不能茂盛地成长?为什么根部不能完全地吸收这些养成分?为什么病原菌，病虫害会兹生繁衍而不可收拾?
科学的进步突飞猛进，己能明确地追踪微量物质的来龙去脉。现代科学己能确认植物生理与微生物间不可离的共生关系。植物根部分泌物质来供应微生物的需要，同时微生物也生产各种不同物质来回馈植物体，两者实际上是共生的伙伴。要使植物生长茂盛，除了水分，养分之外，足够的土壤微生物也是最重要的必要前提。
六、有益微生物与植物的健康
植物体包括根，茎，叶，花，果实，事实上它整体的表面穿着一件微生物的外衣。在土壤中根的表面周围约五厘米的范围内，重重地围绕着高密度的微生物，称之为“根圈菌”。
植物排出其特有的分泌物来吸引无数的根圈菌微生物于其周围，使得根部周围的微生物密度远超出非根部的土壤区域，生活于根圈的微生物也泌出各种有机物，包括氨基酸，低分子糖类，低分核酸，生长激素及各种酵素等，这些有机物质对植物生长，生殖等生理作用有显著的效果，对农产品的质与量提升贡献很大。其他更有微生物侵入根部组织，在根胞内繁殖，这类称为菌根菌，但它不能破坏根部组织，却更能与根部细胞交换物质，共存共荣，促使根部活力，吸收力的增强，有利于植物健全的生长与自然抗病力的加强。在植物体表面也附着无数的微生物，这一些微生物的存在，不但能使植株强壮，更能保护植物，减少病害。要达到有机农法“减农药”“减化肥”的目标，就定夺于有益微生物在耕地上的培养之成功与否。
七、减农药的概念
1、杀菌辅菌：我们既然知道植物的生长与健康需要微生物为其共生伙伴，但却不断地使用农药，不分青红皂白地在杀除病原菌的同时也把有益微生物全部杀尽灭绝。
好菌、坏菌都抵不住剧毒的农药，造成耕地的暂时性的真空状态，药效降低时，周围仍旧存在的病原菌便乘机而入，以其快速繁殖的特性，很快地便又占据了农药清洗干净而又没有竞争对手的耕地，于是病原菌群优势地迅速繁殖，病害更快地复现，只好再喷农药，如此一而再，再而三，造成农药喷洒越演越烈的恶循环，这就是现代农业的通病。如果在药效降低的同时，大量施加有益微生物群(如满点18号或酵素液肥等)来领先占领农药洗净后的耕地，以绝对的优势来抵抗病原菌的复入，就是病原菌有多强也要相当努力，才能征服，才能占领这已充满有益微生物的耕地，还要再发挥到病症复现，更需要一段时间，如此一来，病症复发的时间自然拖长。向来十天施药一次的农友，开始杀菌辅菌的动作之后，第十天先看看是否非施药不可，可以拖一天再施药的话，那么以后就改为十一天施药一次，每次先观察再施药，可拖则拖，如此就渐渐的拉长施药周期，由十一天改为两星期，再由两星期改为三星期、一个月、半年、一年、最后自然的与农药绝缘。
2、菌群优势：要培养大量有益微生物于耕地上的话，最先必须准备一个适合微生物生存繁殖的有机温床，耕地上不但必备微生物的粮食——有机物质之外，并须注意到土壤空隙度，保水性以提供微生物生存所需的氧气及水分。然后定期地补充综合微生物群(满点18号)，以维持有益微生物的菌群优势来对抗病原菌的侵入，发挥其造肥，抑病的效果。
3、拮抗作用：放线菌类(Actinomyces)可分泌各种不同的抗生素，假球菌类(Pseudomonas)可分泌各种不同的抑病物质。乳酸菌(Lactobacillus)、酵母菌类(Saccharomyces)、木徽菌(Trichoderma)等等，都有抑病物质的分泌，只要能好好把握这些拮抗微生物培养于耕地中，它们就会无时无刻地分泌各种抑病物质来压制病虫害的滋长，自然农药的需求量也将随之下降。
4、强势植株：作物健康强壮，自然罹病率减少，好象两个小孩子一起外出玩，外面风雨交加，回家后，一个感冒一个没事，一样的恶劣环境，而致病的反应不同。虫害自然会减少，不必依赖农药的施用。
5、减少病原：避免使用生鸡粪之类的生肥，以杜绝病原菌，病虫害繁衍的环境。
6、天时地利人和：
地点：依据作物种类的不同，在种植前先考虑种植地点的日光强度，气温，雨量，海拔高度，土壤性质，坡度等条件，务必适合目标作物的特性，作物顺利成长，，要减农药，自然事半功倍。清净的水源，无污染的空气，环境也是健康植株的要素。
品种：有机农法最难解决的是病虫害问题，因此抗病品种的育成与适当幼苗的处理，如根圈微生物，综合微生物，菌根菌，根瘤菌，放线菌或几丁酸等的前处理都有利于健壮植株的建立，更是将来减农药运作成功的关键。
时机：根据各种作物的自然习性与时机来种植与收成。过分刻意的人为调整，将影响作物的健康而招致病虫害的发生。
7、其他方法：为了减农药，也可利用天敌，自然农药，诱杀法，套袋，网室栽培，黄色粘板等种种方法来消灭病虫害。
八、有病要吃药，无病要补身：
照顾作物就象照顾自己一样，今天有咳嗽，晚上及时吃药，明天早上可能稍有好转，再吃一天药，咳嗽痊愈了，如果完全不吃药，咳了三个月，也是会好的，但是咳嗽三个月的人和咳一天的人比起来，一定虚弱好多。作物病害处理的道理也是一样，一旦病害发生时，即刻用合法的轻毒农药来抑制病害，同时在药性减退施用有机肥料及有益微生物(菌肥，活性有机液肥或满点18)，来补充作物所需营养分及有益微生物群。如此运作，可使作物迅速恢复健康，增加抗病力。继续定期地如此运作，可增强植物的抗病力，减低病害的频率。这就是作物有病在吃药，无病要补身的道理。耕地作物强壮后，不必要时就不要习惯施药，以达最后不用农药的目标。
九、三餐营养成，再吃一点维他命：
我们三餐吃的饭菜都是有机质，人有消化液可以把它分解为简单物质，如氨基酸或葡萄糖之后，才能被吸收而进入血液，供人体利用，植物也需要有机养分，可是植物没有消化液，所以必须依赖微生物来替它分解为氨基酸，葡萄糖或更简单的物质，然后植物才能吸收利用。
人类除了三餐营养要充分之外，如果每天再补充一点维他命更好，植物也是一样，主要营养必须依赖有机肥，在利用少量化肥来作肥培管理上的调节，就能更称心如意地调节作物生长，希望作物吐叶生长，则稍加化学氮肥，催花催果则利用氮磷钾(NPK)三元素的比率来调节。正如人类牙周出血时，利用维他命C来治疗一样，维他命对人类健康有好处，正如NPK对植物一样，但是我们却不能放弃三餐，而每天只吃维他命过日子，如此反复会妨碍健康，作物也是一样，如果放弃有机肥而完全依赖化学肥的自豪感，长期下来，土壤败坏，植物生长就不好，照顾作物就对人类一样，三餐在营养，最好再吃一点维他命。有机农法使用有机肥外，再配合一些化肥料助益不浅。身体健壮的人，吃不吃维他命影响不明显，那么只要三餐营养平衡就够了。有机农法运作一段时间，耕地作物健康生长，只要在有机肥中，顾虑到作物营养的均衡性，那么化学肥料就不再是绝对需要的了，如此就能做到有机农法不用化肥的目标。
十、微生物肥料与农药的并用：
不用化学农药是有机农业的目标之一，只在万不得以时，才在作物前期或中期使用合法的轻毒农药。到底农药会不会破坏有益土壤微生物呢?一般杀虫剂可与微生物肥料并用，但仍需避免于施用前长时间浸泡一起，最好在喷施之前，才混合用。
至于杀菌剂则将会杀伤有益微生物，因为微生物肥料的功效有三：
其一提供微生物菌种源。
其二，提供有机营养源。
其三，提供微生物发酵时分泌的抑病物质。
所以当微生物与杀菌剂混合并用时，虽然微生物菌源将被灭绝，但有机营养与抑病物质则不受损害，所以如果不计较菌源的损失，可以一起使用，只要在药效降低时，再喷一些综合微生物群，以补充菌源。不过一般是不建议与杀菌剂混合并用的。
十一、上楼用楼梯，别想跳下去：
本来泥土中含有各种微生物及微小生物，不管这些微生物是有益还是有害，他们之间却维系着一种生态上的平衡，互相制约而共存，泥土中充满了生命体，所以泥土是活土。但是如今农业滥用农药化肥，使这本来活生生的泥土，变成一片死土，更因生态平衡的破坏而致使倔强而繁殖快速的病虫害，病原菌泛滥。病原抗药性与农药化肥的依赖性及恶循环，使得农业不能有一天不农药化肥。在此环境下，要谈自然农法是件难事。如果坚持自然农法为大前题，停止使用农药化肥，那么一夜之间，田园中的作物就会化为乌有。因此，我们必须以渐进的手法来达成不用化学药剂的目标才对。
有机农业的目标虽是不用化学农药，不用肥料，但这是我们努力的目标，要达到这一目标要经过一段路程。首先，恢复土壤中有益微生物，发挥自然的力量，恢复生物间物质循环的原则，时而修复人为破坏的生态平衡与食物链，利用杀菌补菌，益菌优势与自然的拮抗作用等方法，来减少农药，减肥料的折中运作，慢慢地完全不用农药，化肥。渐渐用有机肥办法才能达到自然农法的目标，就象要上二楼，最好的办法是用楼梯一步步走上去，想用跳的上楼，成功的机会不多，而且失败，还会摔的很惨。
十二、氮饥饿现象：
微生物大量繁殖生长时需要消耗定量的氮素，这些氮素储藏于菌体中，将来仍会回归耕地中，达成氮素的缓效作用。但是如果耕地微生物的数量突增，它将大量抢量抢回耕地上的氮肥而造成黄叶，即“氮饥饿”。除此之外，耕地与作物遥含氮条件，如葡萄中果期后，有些农友只加磷钾肥而完全不用氮肥，在此情况下，葡萄叶子己在缺氮而将变黄的界线上，一旦喷大量有益微生物时，则因增加氮素的消耗而即形成缺氮状况，造成叶片黄化的现象，因此要喷大量微生物时，必须适量添加氮肥(一般使用1/500的鱼精，酵素液肥或尿素均可)一起喷洒。
十三、纯净菌种是成功的条件
有机农业运作的基本成功条件是要有正统学术基础研究开发出来纯净菌种为基础，目前有由不法商人卖的非法商品充斥市面，非但效果不好，反而为害不浅，购买时一定要认清政府的许可号码及农林厅的肥许可证号，特别要注意的是营利事业号码或工厂号码，并不代表肥料的品质合法化，千万不要初步混淆而受其害。
十四、用菌不如养菌有效：
有了纯净的菌种后，最主要的是必须把这些菌种在耕地里扩大培养起来，只有菌种，而不去照顾培养微生物，就象养家畜而不给饲料一样，使用微生物制剂只是洒菌种而不是洒菌。耕地中有机肥一定要足够，通气性，保水性要好，有空气，有水，有营养，才能使菌种繁殖发展成菌群，然后才能显出其效果来。
