长期的农田耕作导致土壤出现各种各样的问题。
一，耕作层变浅。农田由于长期的机械耕作碾压和人工作业，使大部分农田土壤耕层变浅，有效活土层在15公分左右，加之降雨、灌水沉实，“犁底层”上移加厚，形成了坚硬深厚的阻隔层。这阻碍了土壤水分、养分和空气的上下运行，影响作物根系下扎延伸，土壤蓄水能力越来越少，抗旱性能不断下降。
二，土壤有机质含量降低。土壤有机质减少会引发一系列土壤问题，土壤酸化和次生盐碱化，土壤结构破坏，土壤肥力低下，土传病害加剧等。
三，土壤结构破坏、板结严重。由于土壤缺乏有机肥补充以及不合理的耕作和不合理的灌溉，化肥的大量施用，加剧了土壤团粒结构的破坏，致使土壤板结越来越严重，直接影响到土壤的自然活力和自我调节能力。
四，土壤趋于酸化。土壤酸化主要是由于过量使用化学氮肥和生理酸性肥料，导致土壤中酸性物质增加，使土壤酸化。土壤酸化会引起土壤养分流失，土壤有害重金属活化，土壤有害微生物特别是寄生真菌增加，加速土壤贫瘠化和土传病害发生。
五、土壤次生盐碱化。由于长期过量使用化学肥料，使土壤中的盐分不断积累，硝酸盐积累更甚，形成土壤表层次生盐碱化。轻则影响种子发芽出苗，阻碍养分吸收，作物生长不良，重则造成生理干旱，营养吸收障碍，土壤结构破坏，再甚者可导致盐害、死亡。
六、土壤氮磷钾元素营养比例失调。中、微量元素严重缺乏在日常管理中绝大多数农民不按比例施肥，往往只大量施氮磷肥，致钾素匮乏，长期不施中微量元素肥料，造成土壤中微量元素耗竭，土壤中大量氮磷钾比例失调，大量元素与中微量元素之间的营养比例失调。
七、农田土壤污染过量。使用化肥、农药、农膜的残留污染，未经处理的有机肥污染，以及连作和病虫害病原物污染，一旦超出土壤自净化能力后就会“溢出”。这会造成土壤生态失衡，使土壤有益生物和有益微生物大量死亡，土壤生物种群减少，土壤理化生物性质恶化，土壤活性下降、土壤功能变差，失去农业利用价值。
八、农作物连作造成的“土壤病”。在土壤中连续种植一种或同科作物，由于该作物所需要的中微量营养元素因连续被吸收而缺乏，也使相应的某些病菌得以连年繁殖，在土壤中大量积累，还有前茬作物根系的分泌物因累积成为有毒物质而形成病土。
九、土壤侵蚀耕地。土壤侵蚀主要是农民垦殖过度，很多山坡被垦做农田。尤其是坡度大于15度以上的坡地，年复一年的耕作，水土流失极为严重。开垦后没有实施保护性耕作，如坡改梯、水平沟耕作、植物篱保护等，而是随意挖地耕翻，既造成耕蚀，又加剧了风蚀、水蚀。长期的水土流失，必然导致土壤沙化，保水保肥能力降低。
十、设施农业土壤综合障碍病。设施栽培是在全年封闭或季节封闭环境下，由于高度集约化、高复种指数、高肥料投入、高农药用量、高强度高频度人为干扰，过量施肥、过量灌水、过度耕作与践踏，土壤长期处于高温高湿状态，在如此强烈的干扰和巨大压力下，土壤健康急剧恶化。一般种植2~3年，就出现了土壤营养失衡、土壤酸化、土壤次生盐碱化、土壤有害物质积累、土壤微生物种群多样性和功能退化等一系列土壤病害。
