土壤是一种生命体，必然存在着健康与不健康状态。众所周知，土壤肥力越高，土壤越健康，因此，我们来讨论土壤肥力。土壤肥力是土壤生物、土壤物理和土壤化学的总称，三者的关系见下图：
土壤是微生物与植物协同作用的结果，土壤微生物为植物提供了良好生长的环境和全部营养物质，没有微生物就没有纷繁的地球生物世界。微生物繁殖需要碳和矿物元素，通过分解利用天然有机物获取碳，分解活化岩石获取矿物元素;微生物分泌物和有机物降解产物与矿物微粒结合形成团聚体，为微生物家族壮大创造了保持水分、通气良好、温度适宜的“家”，微生物舒适的家正是植物根系生长的最佳条件(物理肥力);微生物对有机物降解产物、分泌物、活化矿物溶于土壤水中部分(化学肥力)成为植物的营养，土壤团聚体将多余的营养吸附保存，需要时释放供应。因此，土壤生物肥力是土壤第一肥力，她决定着土壤物理肥力和化学肥力。土壤微生物种类多、数量大、活性高则土壤肥力高，同样的，土壤微生物种类多、数量大、活性高表示微生物健康，土壤微生物健康则土壤健康。土壤微生物是土壤健康的标志。
土壤中微生物的种类较多，有细菌、真菌、放线菌、藻类和原生动物等。数量也很大，l克土壤中就有几亿到几百亿个。土壤微生物大部分对作物生长发育是有益的，它们对土壤的形成发育、物质循环和肥力演变等均有重大影响。对作物来讲是影响其生长发育的重要环境条件之一，其具体作用是：
1、形成土壤结构，作为土壤的活跃组成分,土壤微生物的区系组成、生物量及其生命活动对土壤的形成和发育有密切关系。有活性的土壤是由固态的土壤、液态的水和气态的空气共同组成的，单纯的土壤颗粒和化肥所构成的并不是真正意义上的土壤。土壤微生物通过代谢活动的氧气和二氧化碳的交换，以及分泌的有机酸等有助于土壤粒子形成大的团粒结构，最终形成真正意义上的土壤。
2、分解有机质，作物的残根败叶和施入土壤中的有机肥料，只有经过土壤微生物的作用，才能腐烂分解，释放出营养元素，供作物利用，并形成腐殖质，改善土壤的结构和耕性。
3、分解矿物质，土壤微生物的代谢产物能促进土壤中难溶性物质的溶解。例如磷细菌能分解出磷矿石中的磷，钾细菌能分解出钾矿石中的钾，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也离不开土壤微生物。
4、固氮作用，氮气占空气组成的4/5，但植物不能直接利用，某些微生物可借助其固氮作用将空气中的氮气转化为植物能够利用的固定态氮化物。
5、调节植物生长，土壤微生物与植物根部营养有密切关系。植物根际微生物以及与植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌等能为植物直接提供氮素、磷素和其他矿质元素的营养以及有机酸、氨基酸、维生素、生长素等各种有机营养，促进植物的生长。
6、防治土传病害，土壤中存在一些抗生性微生物，他们能够分泌抗生素，抑制病原菌的繁殖，防治土传病原菌对作物的危害。
7、分解土壤盐碱，盐碱地的共性是有机质含量低，土壤理化性状差，对作物生长有害的阴、阳离子多，土壤肥力低，作物不易促苗。施用微生物菌剂能提高土壤肥力，改善土壤结构，减少毛细管水运动的速度和水分的无效蒸发，有明显的抑制返盐效果。还能增加土壤有效钙的含量，同时微生物分解有机质产生的有机酸也能使土壤吸附的钙活化，加强了对土壤吸附性钠的置换作用，导致脱盐脱碱。在微生物菌剂和有机肥的作用下，盐碱地的有害离子含量和pH值明显降低，土壤缓冲性能增加，提高了作物的耐盐碱性。
