由于灌溉而使土壤盐分累积，由此产生的典型问题就是土壤次生盐渍化。在半干旱干早地区发展自流灌溉而导致土壤发生次生盐渍化，迄今仍然是一个尚未完全解决且具有普遍性的问题。近半个世纪以来，我国由于现代灌溉事业的迅速发展，干旱和半干旱土地灌溉面积不断扩大，因灌溉不当而引起土壤次生盐渍化的问题，已成为当今农业发展的主要障碍之一。我国北方的许多新、老灌区，如内蒙古河套灌区、宁夏银川灌区、山西汾河灌区、新疆皮墨垦区等灌区，都有土壤次生盐渍化发生，灌溉不当而抬，其原因主要是无节制灌造成灌水量太大，灌溉渠道渗漏，以及其他管理工作不善，而引起地下水位的抬升，随着灌区农田不断蒸发，携带矿物质的地下水便随水气聚集到地表，形成土壤次生盐渍化。
由于灌溉而导致土壤盐分累积主要有以下几个原因：
(1)在具有潜在盐渍化威胁的地区，运用引、蓄、灌、排等水利技术措施不尽合理，导致灌区地下水位普遍上升超过当地的地下水临界深度，这是引起盐分累积，进而土壤发生次生盐渍化最主要的原因。在相同条件下，地下水位越浅，矿化度越高，土壤积盐越迅速、越重。即使在地下水矿化度不高的情况下，如其水位长期处于临界深度以上，也会引起土壤盐渍化。这方面的实例国内外比比皆是。
(2)利用地面或地下矿化水灌溉，而又缺乏良好的排水淋盐等调控水盐动态的措施，导致盐分在上层土体中累积，使土壤发生次生盐渍化。在地下水埋藏深的地区，用高矿化度的微咸水和咸水进行灌溉而导致土壤发生次生盐渍化过程的特点，基本上与自然情况下受矿化地面径流影响的现代盐分累积过程的特点是一样的。
(3)干旱地区许多具有积盐层的各种类型土壤，具有明显的盐分累积而形成底层盐现象。在发展灌溉情况下，由于灌溉渗水流量有限，不足以接触到地下水，而仅能湿润心底土积盐层，并溶解活化其中的盐分，后又随土壤毛管上升水流的蒸发而向土壤表层累积，导致土壤发生次生盐渍化。
由上述原因可知，灌溉不当导致土壤盐分累积而引起土壤次生盐渍化问题也是多种多样的。为提高现有耕地的单位面积生物产量和为了发展综合性农业而开垦利用荒地资源时，应根据当地地质土壤等基础条件合理运用引、蓄、灌、排等水利技术措施发展灌溉，改善农业生产条件，减少灌溉引起的盐分累积现象。
目前部分区域也通过合理灌溉实现了盐碱地的改良和利用。合理的灌溉和排水不会引发土壤次生盐碱化，科学的滴灌调盐技术能适时适量的向作物进行供水，而且能淡化作物主根区的盐分，满足作物正常生长所需要的土壤水盐动态环境。
