1.土壤中氮、磷、钾养分比例失调。
中微量元素在日常管理中，大部分农户不按比例施肥，往往只施大量的氮磷肥，导致缺钾。长期不施用中微量元素肥料，导致土壤中微量元素耗竭，土壤中氮、磷、钾大量失衡，大量元素与中微量元素营养比例失衡。
2.农田土壤污染
过量使用化肥、农药、农膜造成的残留污染，以及连作和病虫害病原物污染。这些污染物进入或长期残留在土壤中，一旦过土壤的自净能力，会“溢出”，直接造成农田土壤的污染。大量污染物进入土壤后，会破坏土壤的生态平衡，使土壤中的有益生物和有益微生物大量死亡，减少土壤生物种群，恶化土壤的理化生物性质，土壤活性下降，土壤功能变差。严重的污染者会使土壤失去生产能力和农业利用价值。
3.土壤有酸化的趋势。
土壤酸化主要是由于过量使用化学氮肥和生理酸性肥料，导致土壤中酸性物质增加，使土壤酸化。土壤酸化会导致土壤养分流失，土壤中有害重金属活化，土壤中有害微生物增多，加速土壤贫瘠化和土传病害。
4.土壤次生盐渍化。
由于长期过量使用化肥，土壤中的盐分不断积累，尤其是硝酸盐积累。这些盐聚集在地表，形成土壤表层盐碱化。它们影响种子萌发和幼苗出现，阻碍养分吸收，并导致作物生长不良。严重时造成生理干旱、养分吸收障碍、土壤结构破坏，甚至盐害和死亡，失去农业利用价值。
5.作物连作引起的土壤病害
当土壤中连续种植一种或同一种作物时，由于连续吸收而缺乏作物所需的中、微量营养元素，一些相应的病菌可年复一年地繁殖并大量积累在土壤中，前一种作物根系的分泌物积累成有毒物质，形成病变土壤。
6.耕层变浅。
由于长期的机械耕翻和人工操作，大部分农田土壤较浅，此外，“犁底层”上移增厚，形成坚硬深厚的屏障层，阻碍土壤水分、养分和空气的上下运动，阻碍作物根系的向下延伸。导致土壤蓄水量越来越少，抗旱能力下降。
7.土壤结构破坏和板结严重。
由于缺乏有机肥补充，不合理耕作和不合理灌溉，大量施用化肥，加剧了土壤团粒结构的破坏，导致土壤板结越来越严重
