近年来，微生物菌肥逐渐被人们熟知和广泛使用，随着人们对微生物菌肥认识的提高，微生物菌肥在农业生产中的应用越来越广泛，尤其是在棚区。施用微生物菌肥,可以减少化肥施用量,明显起到改良土壤,降低生产成本,提高棚区蔬菜品质的作用。但在施用过程中，也要因“土”而异，不能盲目施用。
根据土壤条件食用菌肥
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看土壤湿度
土壤含水量过大或不足都会影响生物菌肥的施用效果。因为生物菌肥中含有的生物菌大部分是好氧菌，它在土壤见干见湿时生命力才活跃。所以，施用生物菌肥后一定要注意合理浇水，最好选择晴天上午浇小水，这样不仅能提高地温，还能通过放风排湿。浇水后最好进行划锄，以此来增加土壤通透性，利于生物菌发挥效果。
02
看土壤温度
据了解，生物菌肥中的生物菌一般在土壤18℃-25℃时生命活动最活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，大棚蔬菜施入菌肥后要注意调控好地温。这就需要首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天应保持在25℃-30℃，夜间棚内温度低，为避免地温散失，除了采取地膜覆盖外，可在操作行内覆盖作物秸秆。
03
看土壤酸碱度
土壤pH值在6.5-7.5时最适合生物菌的繁殖，菜农可根据自己土壤的情况进行改造，以保证生物菌大量繁殖。
另外，在施用生物菌肥后，还要注意增加土壤有机质，也就是增施有机肥。因为生物菌肥的作用是靠生物菌分解土壤中的有机物来实现的，如果土壤中的有机肥施用不足，那么它是分解不出养分来的。
菌肥如何使用才能达到最优效果
微生物菌肥的核心是有效功能活菌数，即“有工作能力”的“活体”菌种数量，而不是一般的含有多少菌数。换句话说，菌肥有菌不一定是好肥，必须保证施入土壤中是活性的，才能发挥菌肥的作用。菌肥要想达到最优效果，一定要注意以下几点：
01
菌肥保质有期限
大部分菌肥必须保存在低温(最适温度4℃-10℃)、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的菌种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2℃-8℃的恒温箱内，这类菌肥的有效期通常只有一年;一些芽孢杆菌肥的保质期与生产工艺水平高低有关，主要是看芽孢化水平，芽孢化水平高的能保存一年半甚至更久，芽孢化水平不高的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品及其保存环境。即便是微生物菌肥所含菌种数量很高，因为菌种活性是有一定时间限制的，一般超过两年的生物菌肥要慎重选择。
02
菌肥最好不要冲施
施用微生物菌肥的时候，基施可用方法有撒施、沟施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分以穴施效果更佳。不建议冲施生物菌肥，这样效果不佳，但是可以灌根，主要针对液体生物菌肥。
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避免导致菌种死亡
微生物菌肥施用过程中应避免阳光直射;蘸根时加水要适量，使根系完全吸附。蘸根后要及时定植、覆土，且不可与农药、化肥混合施用，特别是现在很多菜农为防治根茎部病害，采用农药灌根，如多菌灵、恶霉灵、硫酸铜等药剂，对防治真菌、细菌都有效，但对菌肥中的有益菌也有杀灭作用，所以建议使用菌肥后不要再用农药灌根。
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创造菌种适繁环境
菌肥中的菌种只有经过大量繁殖，在土壤中形成规模后才能有效体现出菌肥的功能。为了让菌种尽快繁殖，就要给其提供合适的环境。一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，如硅酸盐细菌需要在pH7-8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动，因此，必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。微生物菌肥中的微生物大多是好气性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷细菌等。因此，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。
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必须投入充足有机肥
有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。因此，施用微生物肥料时必须配合施用有机肥料。菜农在施用菌肥时应与粪肥等有机肥一起施用，不但可加快有机肥的腐熟速度，而且能促进菌群的形成，提供菌肥的肥效。
