未完全腐熟的鸡粪对作物的伤害很大，会给菜农带来巨大的经济损失，表现为：
①烧根、烧苗、熏棵、死株;
②盐化棚内土壤，果实不开个;
③诱发各种根际病害和病毒病害;
④滋生根结线虫。
鸡粪发酵腐熟有以下几种方法：
塑料袋腐熟
将7～8米长的塑料袋，一端用细绳子扎紧，放在蔬菜行间。从另一端装入鸡粪150～200千克，袋中要留出适当的空隙，不能太满。然后，往里灌水，水量大小以淹没鸡粪为宜，再扎紧口发酵，5～6天即可完全腐熟。
注意塑料袋两端一定要扎紧口，以其中的水不流出来为宜，如果要加快腐熟的速度和防止腐熟不彻底，可在其中加入肥力高等腐熟剂。此法简单易操作，腐熟速度快，不会对棚里的蔬菜造成气害。
堆制自然腐熟
将要腐熟的鸡粪摊在水泥地上或覆盖塑料膜的泥地上，将鸡粪堆成高1.5～2米、宽1.5～3米的长垛，垛长视场地大小和鸡粪多少而定。其中加入适量水(55%左右)，然后盖上塑料薄膜，使堆肥自然发热达50℃以上，杀灭病原菌、寄生虫卵。
注意粪堆不要太密闭，以免缺少氧气，微生物无法大量繁殖，可以在腐熟时掺入一定量的锯末、砻糠或稻草、小麦、玉米等作物秸秆，并使薄膜与粪堆有一定的间隙，以提高透气性，补充氧气，促进微生物的快速、大量繁殖。还可在鸡粪内撒入过磷酸钙、沸石、生土等吸附剂，吸附发酵过程中产生的臭气。
生物制剂腐熟
如上法，但在腐熟前，将腐熟剂如肥力高均匀喷洒到鸡粪上，再堆制或翻入土壤，以快速除臭、腐熟。用这种方法腐熟鸡粪速度快、效果好。
大棚内腐熟池腐熟
在大棚的西端靠棚口处建一个体积为2立方米左右的池子，把鸡粪放入，加入肥力高等生物腐熟剂腐熟后再冲施蔬菜。但在大棚里腐熟要注意不要在严冬期和阴雪天气栅内通气受限的情况下进行，以免腐熟过程中产生的氨气等有害气体在棚内积累过多，引发气害。此法主要是针对鸡粪在腐熟过程中会释放出热量和二氧化碳，这些都是冬季棚内蔬菜最需要的，可谓一举多得。
