作为我国农业可再生资源中最多的一类，秸秆中含有大量的微量元素，而且这些元素还是农作物生长的重要因子，在农业生产中具有很高的利用价值。根据相关研究表明，秸秆还田可以改变土壤的性质以及其中微量元素的结构，进而提高土壤的肥力，使农作物的生长发育得到很好的加强。
一、物理性状影响
土壤的物理性状与农作物根系对于养分的吸收以及自身的成长具有密切关系，一片具有较好物理性状的土壤其空隙结构以及含水量应该处于动态平衡的状态，这种状态下农作物的长势也会处于一种比较优良的状态。很多研究人员在经过详细地研究之后发现，在干旱时期秸秆还田的形式可以有效地提高土壤中的水分，这里是指覆盖还田形式，而粉碎还田的方式对于土壤的水分保留并没有作用，这主要是因为粉碎的秸秆与土壤结合的形式，并不能阻挡土壤中的水分蒸发。此外，秸秆还田对于土壤中的结构也会产生很大影响，如会降低土壤中微团聚体的含量，使土壤团聚体更趋向于稳定。这主要是因为在短时期内秸秆的分解程度不充分，对土壤结构影响较低，但当秸秆完全分解后，秸秆中的各种元素会迅速和土壤进行结合。
二、化学性状影响
合适并且具有高水平的土壤肥力是保障农作物高产稳产的重要因素，如何提高土壤的肥力并且做到合适是目前农业研究中的一个重要研究课题。秸秆中含有很多的有机质以及矿物质，而这些成分都是农作物生长的必需成分，因此将其进行分解融入土壤中提升肥力是农业活动中最具有经济效益的行为。但秸秆的分解会受到很多因素影响，如当时的水分以及土壤中
微生物的含量等，根据有关人员的研究，秸秆的分解速度和其埋在土壤中的深度有关，并且秸秆的腐烂分解速度与还田的量呈负相关。此外，根据研究发现，当秸秆和化肥对土壤进行混合施肥时，可以改善土壤的pH值，降低土壤中的碳氮比;并且秸秆对于土壤质量的影响与施加钾肥的效果相同。因此，利用秸秆可以完全替代钾肥，大大节省化学肥料的利用，同时降低了农业生产的成本。
三、微生物影响
在农作物的生长过程中微生物的作用也是非常重要的，土壤中微生物的数量以及群落结构是反应土壤生态的一个重要因子。只有土壤中的微生物保持多样性，才能够使土壤的肥力发挥最大效用，而且土壤中微生物群落结构的不同会导致土壤的理化性质发生变化。秸秆在还田的过程中需要利用土壤中的微生物对秸秆进行分解和腐化，一般情况下利用天然微生物让秸秆出现腐化和分解所需要的时间是很长的，且在这个过程中微生物会不断生长，短时间内土壤的理化性质会发生变化。如，黄豆秸秆的纤维素以及木质素的含量十分高，在秸秆还田后微生物很难将其降解，因此土壤中的微生物含量并不会增加，而理化性质也不会发生变化。相关研究表明，秸秆还田之后会抑制土壤中的真菌以及厌氧菌，并且促进放线菌的生长。
