有机肥能够改善果园土壤的物理化学性质，与果园的土壤结构性、通气性、渗透性、吸附性和缓冲性等有着密切的关系。改良土壤是有机肥料最重要的作用，有机肥料如何改良土壤?
1、提供养份全面：有机肥是一种完全肥料。含有作物所需要的营养成份和各种有益元素，而且养份比例全面，有利于作物吸收。因此，合理施用有机肥，有利于土壤养分比例平衡，有利于作物对土壤养分的吸收和利用，不会因多施有机肥而造成土壤某种营养元素大量增加，破坏土壤养份平衡。
2，促进土壤微生物繁殖:有机肥含有大量有机质，为各种微生物的繁殖提供能量。研究表明，在深耕配施有机肥后，土壤固氮菌增加近对照的一倍，纤维降解菌增加近两倍，其他微生物群落也明显增加，因此有机肥大大促进土地成熟。有机肥在腐解过程中产生各种酚、维生素、酶、生长素等物质，促进作物根系生长和养分吸收。
3、提高土壤保肥保水能力：所有的有机肥料都有较强的阳离子代换能力，可以吸收更多的钾、铵、镁、锌等营养元素，防止淋失，提高土壤保肥能力，尤其是腐熟的有机肥保肥能力更明显。此外，有机肥还具有很强的缓冲能力，可防止因长期施用化肥而引起酸度变化和土壤板结，可提高土壤自身的抗逆性，保证土壤良好的生态环境。
4，减少养分固定，提高养分有效性:有机肥含有大量有机酸、腐殖酸、羟基等物质，它们具有强的螯合能力，与大量金属元素如锰、铝、铁等螯合形成螯合，减少锰离子对作物的危害另外，可以防止铝和磷与作物难以吸收的难溶性磷结合而被无效化，大幅度提高土壤有效态磷的有效性。
5、加速土壤团聚体的形成，改善土壤理化性质：有机—无机团聚体是土壤肥沃的重要指标，它含量越多，土壤物理性质越好，土壤越肥沃，保土、保水、保肥能力越强，通气性能越好，越有利于作物根系生长。
