市场上出现了很多菌剂和菌肥，让很多种植户也无所适从，一些果农和花友开始使用，反响还不错，从实用角度来说，复合微生物菌剂主要还是以下几个功能。
一季用两次复合菌，强壮整个微生物种群
以菌克菌，强化有益菌群，能迅速补充土壤中有益菌，使得有益菌繁殖成为优势菌群，有益菌通过竞争作用、抗生作用、溶菌功能控制有害微生物生存。
抵御土壤中病害传播，少打农药
复合微生物菌代谢产物有益于根系生长和壮大，有益菌分泌的抗生素类物质和多种活性酶，能有效抑制或杀灭致病菌，从而减轻土传病害的发生，减少农药化肥使用。
解救被“固定”的营养
复合微生物菌能够将实现固氮作用，将土壤中的氮形成腐植酸铵，并将土壤中固化的磷钾释放为有效钾、有效磷，复合微生物菌代谢产物还能改善土壤团粒结构，增加土壤保水和保肥能力。
提高果实的颜值和品质
复合微生物菌产生的代谢产物有促生长等作用，可以调节作物对养分吸收，改善作物光合效率，提高作物产量，复合微生物菌还能够明显提高农产品糖分、蛋白质等含量，提升农产品外观品质和耐储藏能力，整体提高农产品档次。
