长期使用化肥与农药，对土壤的危害是不言而喻的，化肥的主要成分就是工业矿物质，这种矿物质能够融入到水里，然后被植物的根系所吸收，但是不是所有的物质都能被植物所吸收的，部分不被吸收的物质会残留在土壤里，长此以往，对土壤会造成板结。
板结的土壤通透性变差，对于土壤内的微生物会造成破坏，继续恶化了土壤的结构，土壤环境的恶劣变化，让植物的根系无法正常呼吸与吸收水份养分，从而就会造成植物生长发育上的影响，比如说植物长得慢，甚至于滞长，严重的还会枯萎，导致农作物产量下降等。
农药对土壤构成的危害，可以与化肥相提并论，所谓的土壤受到农药的危害程度，也与人们在农药投入使用的量信息相关，投入使用量越大，对土壤环境造成的危害性也就越大，就会让土壤的质量出现严重的下降。
农药对土壤的污染，有直接的污染以及间接的污染两种。直接的污染就是平时人们在使用农药拌种、喷洒等，这种方式就是把农药在使用到农作物的时候，直接进入了土壤，其残留物，对土壤构成了一定的危害性。
所谓农药间接污染，就是日常在喷洒农药时，有部分的农药会蒸发到空气当中，在随着降雨把农药降到了河流或土壤里，或者在使用含有农药的河水浇灌田地时，农药又间接进入了土壤。当土壤中农药的含量达到一定程度时，会把土壤中的微生物进行破坏，从而也会导致土壤的板结。
虽然说土壤自身有它一定的净化能力，但是随着人们长期的使用化肥农药，并且在大量的投放情况下，在严重超过了土壤环境容量时，就会造成对土壤严重的污染危害性，并且这些污染源还会通过食物链进入到人体，对长期食用这些食物的人，也会造成对身体健康的伤害，从中可见化肥农药，所对土壤带来的危害是不可忽视的。
因此，为了土壤的改良，减少化肥与农药的危害，施入化肥要合理，可以增施农家肥、有机肥，让土壤内的有机质含量增多，不断地增加土壤中的微生物种群，让土壤会更加的生态。在喷洒农药时，尽量使用低毒高效的农药，或者是采用生物制药，对于作物病虫害的防治，还可以采用物理、人工等防治方法，也能够起到对土壤保护的作用。
