菌肥又称生物肥，生物肥，细菌肥或孕育剂等，形象是“菌肥料”。细菌肥料不仅含有有机物，氮，磷，钾等作物生长所必需的营养成分，还含有大量有益的微生物菌，在土壤中有益菌繁殖，可以改善土壤，防治疾病等等。
土壤由矿物质，有机物和微生物组成，是作物生长发育的基础。土壤中的有益微生物直接参与土壤中物质和能量的转化，腐殖质的形成和分解，养分的释放，氮的固定，以及一系列土壤肥力的形成和发展过程。增加土壤中有益微生物的数量可以增强土壤中微生物的活性并增加土壤的肥力。特别是作物根际土壤微生态系统的微生物活性对植物根系营养更为重要。微生物肥料在植物根际的应用可以增加根际土壤中有益菌的数量和活性，提高土壤肥力。
细菌肥的效果
第一，生物激素刺激作物生长
真菌肥料中的微生物，无论是在发酵过程中(可以理解为微生物自我繁殖过程)还是在土壤的生命中，都会产生大量的赤霉素和细胞因子等。接触植物根部会调节作物代谢并刺激作物生长，从而提高作物产量。
第二，减少疾病
有益细菌在植物根部繁殖，形成优势菌群，减少病原体的入侵和繁殖机会，减少作物病害。
第三，刺激有机物释放营养。
通过微生物活动，土壤有机质可以不断释放植物所需的营养成分，达到持久的效果。
第四，疏松土壤，改善环境。
丰富的有机质还可以改善土壤物理性质，增加土壤团聚体结构，从而疏松土壤，减少土壤压实，有利于保水，保肥，通风和根系发育，为作物提供合适的微生态生长环境。
