伴随着此轮机构改革，耕地保护的部门职责分工也有所改变。目前，耕地质量建设工作(包括原来由原国土资源部门负责的农田整治工作)已经归属农业农村部，而自然资源部依然负责耕地质量保护责任的监督考核工作。耕地质量建设得好不好、耕地质量保护得好不好，必须要用科学的质量保护标准来衡量。
当前，我国耕地质量等级评定有两套标准：
一个是基于原国土资源部门的《农用地质量分等规程》(GB/T28407-2012);一个是原农业部制定的《耕地质量等级》(GB/T33469-2016)。
二者在评价的思想、方法及应用指向上皆有不同。笔者认为，《农用地质量分等规程》以及据此规程历经十年完成的耕地(最初称为农用地)分等工作中的“自然质量等”，为耕地质量保护责任的监督考核提供了最科学的标准。
何为耕地的“自然质量等”?该规程在计算耕地“自然质量等”时采用了联合国粮食与农业组织在进行世界土地承载力研究时发明的“农业生态区法(AEZ)”。简单地说，耕地的“自然质量等”，先以由气候条件决定的宏观地理尺度的耕地的光温生产潜力为基数，再乘以由耕地的土壤、地形、灌溉和排水等质量因素综合计算出来的微观地块尺度的自然质量分。
这一方法的科学性并不难理解。比如：一般都认为东北黑土的有机质和养分含量高于南方红壤的有机质和养分含量，黑土的肥力高于红壤。但黑土地处温带地区，积温低，一年只能种植一茬作物，而红壤地处亚热带地区、积温高，一年可以种植两茬甚至三茬作物。因此，虽然南方红壤的有机质和养分含量低于黑土，但红壤地区的两熟甚至三熟的产量加和在一起，比东北黑土地区的一熟产量要高得多。显然，耕地的气候、土壤等这些“自然禀赋”在很大程度上决定了耕地的生产能力。
基于此，衡量耕地质量，不能依据《耕地质量等级》中的标准。因为《耕地质量等级》没有一个根据气候数据计算出来的耕地的光温生产潜力作为全国统一可比的耕地生产潜力基准，而且其评价指标包括了大量受施肥影响而变化迅速的养分指标，比如土壤的氮磷钾含量。同样，也不能依据《农用地质量分等规程》中的“耕地利用等”。因为“耕地利用等”是在“自然质量等”的基础上，乘上了随着投入利用水平变化而变化的“土地利用系数”，即同样质量等的耕地，如果投入利用水平高，产量高，“土地利用系数”随之就高，利用等就会高;反之，投入管理水平低，耕地的利用等就低。
毋庸置疑，粮食安全既要依靠“藏粮于地”，也要依靠“藏粮于技”。但是，我们切不可被高投入换来的粮食增产所迷惑。如果依靠投入实现了粮食稳产或增产，但却降低了由耕地的气候、土壤、地形、灌溉和排水等“自然禀赋”决定的自然质量等别，无异于饮鸩止渴。因此，我们评价耕地质量，切不可陷入“轻自然禀赋、重现实产量”的误区。耕地分等就得强调耕地的那些相对稳定的性质，它是大自然赐予的，不是容易改变的。那些因为施用化肥给耕地带来的“肥膘”(速效养分含量)和耕作方式带来的“挠痒痒”(耕层的深浅)等耕地易变性质，不应是自然资源部耕地保护监督的内容。从这个意义来讲，开展以耕地“自然质量等”为基础的自然资源调查监测评价，可谓势在必行。
