人类在进行农业生产和其他活动时，会产生各种各样污染物。这些污染物进入土壤并积累到一定程度，就会引起土壤污染。每一个生态系统对入侵的污染物都有一定的自净能力。土壤生态系统也不例外。
表面看起来，土壤似乎特别平静、安详。其实，在土壤里，经常发生着物理、化学和生物变化，无时无刻不进行着分解和合成、吸附和释放等物理化学过程。因此，土壤处于不断的活动和变化之中。
土壤中存在着大量微生物，它们个体虽小，却神通广大。它们分布广、种类多、繁殖快、新陈代谢旺盛，所以具有很强的净化环境污染的能力。据统计，每亩干燥的土壤中含有70-130千克以上的微生物。在污染物出现时，还能大量产生专门“对付”这种污染物的微生物。土壤微生物中，细菌和真菌分解有机物的能力很大。科学家通过试验测算出，1000平方米范围内的微生物，可以吸收30吨有机物质，其中的1/3转化为土壤自身的有机体，余下的2/3被分解为无机物质，进而被植物的根吸收。土壤微生物不但能吸收和氧化分解复杂的有机物，还能吸收利用无机物。因此，它们是净化土壤污染物的主力军。
当重金属污染土壤时，土壤中的腐殖质和土壤的团粒物质会吸附它们，使它们的毒性降低。而后，土壤中的植物根系会吸收重金属，使之变成自身的组成成分，从而渐渐地消除了土壤重金属污染。与此同时，土壤中含有一些酸、碱、盐，会与污染物发生化学反应，生成其他物质，从而减少环境中的有毒号物质。
当然，土壤净化污染的能力也是有一定限度。当大量有毒有害污染物侵人土壤，超出了土壤的消化吸收能力时，污染物就会保持它们原来的化学性质，而土壤的性质却会发生比较大的变化，甚至使土壤微生物的生命活动受到抑制和破坏。
