众所周知，有机质含量是土壤肥力的重要指标，有机质是土壤养分的主要来源，可促进土壤结构形成，改善土壤物理性质，提高土壤的保肥能力和缓冲性能，同时有机质中的腐殖质具有生理活性，能促进作物生长发育;有机质中的腐殖质还具有络合作用，有助于消除土壤的污染。
在日本，果园有机质含量可以达到6.8%。而国内的果园有机质含量大都在1.0%以下。能达到1.0%的果园管理已经相当不错，达到1.5%果园少之又少，能达到2.0%的果园可谓是凤毛麟角，全国也没有几个，而他们的果园有机质含量竟然可以达到6.8%，不能不说是一个非常恐怖的数字。
有人可能对这个数字没有概念，举个例子，假如说我们的果园目前有机质含量是1.0%，我们通过连年合理负载，每年足量施入有机肥，连年进行果园生草，降水在700毫米以上或有灌溉条件，并将产的草和果树落叶还田，这样的话，每年这个果园的有机质含量可以增加0.1%，而这个果园有机质含量要达到6.8%，则需要50多年。
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土壤管理制度:日本有机农业的根基
日本苹果园由于追求超高品质，以及其本身特殊的地理条件，使得绝大部分果园都具有非常高的有机质含量。而日本苹果园如此高的有机质含量与他的土壤耕作制度是分不开的。
日本果园土壤管理先后经历了传统农业时期、化学农业时期和有机生态农业时期三个阶段。从20世纪50-60年代开始，有一些日本农户开始探讨有机农业的运行模式。
日本有机生态农业时期最显着特征是，首先，以追求超高品质为目标，合理负载，限制高产，减少土壤产出。其次，大力发展堆肥，广开肥源，一些果农发展起了畜牧业，保证果园有足量的有机肥。
