日本农业以小农经营、精耕细作为特点，不仅体现在作物管理上，还体现在土壤培育上，且这一方法在100多年前就已经普及。
【1】草木灰
为了获取更多用于耕地的可溶性钾，日本的做法是将不少于15.66万吨的纯硫酸钾和草木灰一起施用，平均每英亩23磅，而每英亩施用的石灰碳酸盐则大约是62磅。而森林一直都是提供草木灰的园地。
【2】绿肥
除此之外，还有一些土地也为耕地提供了绿肥和堆肥的材料，主要是占耕地总面积20%的山地。在这些山地上覆盖着大片植被，面积大约有2552741英亩。植被每季至少会被砍伐三次，在1903年的时候，每英亩的植被产量就达到了7980磅。第一次砍伐的植被主要是作为绿肥被施用于稻田中，这些植被放在水稻植株中间，并被踩进泥土里。
农民下田时会随身携带一个篮子和一把镰刀，无论走到哪里都会随时砍下一些植物，将它们带到稻田里使用。农民在一个地方只放一把植物，再拿手指将植物拨弄平整，然后再用脚将这把植物踩进地下，再用两手将稻叶上的淤泥抹去，并且将七倒八歪的水稻扶正。在第二遍踩踏之后，这些植被才完全没进泥里，水稻列与列之间间距约为一脚，而每列水稻与水稻之间都有一个大约9到10英寸高的垄，每道垄都要用双手抹过。
【3】堆肥
在日本，第二和第三次从山地上割来的草主要是用于调制秋季或下一季初期要施用的堆肥，有时农民会从牧场砍伐，但主要砍伐的是山地上的植被。种植在山地上被人们砍伐的将近1018.5万吨的草为耕地提供了许多的有机质，在燃烧成灰之后也有利于增肥土壤。生长在一些村庄附近的野草是村民的公共资源，人们可以随意砍伐，但只允许在一个固定的时间内，而且在一个区域内可以砍伐的数量也是有限的。因为农民们已经清楚的认识到，不断砍伐山上的植被，必然会造成山地土壤流失，最终会减少植被的数量。所以在后来，日本建了许多堆肥房，取代对绿植的砍伐。
这种堆肥房可为两英亩半土地供肥，地坪的面积是12英尺宽、18英尺长，因为是由粘土、石灰和沙子混合而成的，所以不会漏水。墙壁是用泥土砌成的，大约一英尺厚。屋顶是由稻草铺成，能够堆放16到20吨的堆肥。在堆肥制作的过程中，每天都会有一些材料被运来，然后他们会被铺放在地板的一边，堆至5英尺高，这些材料达到1英尺厚时，其表面会被铺上一层1.2英寸厚的土壤或泥浆，然后重复这种做法，直至5英尺高。堆制过程中还会往堆肥中加一些水以保持湿润，并且还将室内温度一直保持在低于人体体温的水平。如果是在夏季，做好堆肥之后还要在原地放置5个星期，冬季的话放置7个星期。
日本农产品的高品质与肥沃的土壤是分不开的，用自制堆肥取代化肥的方法，现在很多农户仍在使用，虽然它在100多年前就已经被使用，但放在今天，仍然是先进的种植技术之一。
