我国土壤微生物学科的发展起步较晚。
新中国成立后，我国微生物科研人员开展了大量的基础与应用研究，主要包括土壤微生物生态学、根际微生物、土壤微生物机理与养分循环、土壤生化活性和土壤酶、微生物肥料等有益农业微生物应用研究。
近10年来，随着分子生物学、土壤宏基因组学、计算机技术的发展，国内外土壤微生物学研究蓬勃发展，国家相关部门也对这一产业投入了大量科研经费，培养了一大批中青年学科人才和团队。
目前，土壤微生物学科初步形成了土壤微生物功能生态系统研究技术体系，在诸多方面取得重要进展，为未来我国土壤生物学发展奠定了坚实的基础。例如在农业领域方面，微生物菌肥的出现以及推广，更是将土壤微生物带进了普通农民百姓的生活中。
土壤微生物产业前景光明
在国际上对土壤微生物逐步重视的形势下，我国土壤微生物学也应该有新的发展计划。
首先，开展土壤微生物生态系统时空变化规律的研究。相关研究不仅涉及土壤微生物种类、数量、群落结构等方面，更要研究在土壤复杂的生命系统中微生物物种是如何变化的，研究效果要超过在实验室中人工干预条件下针对某一微生物研究的效果，更容易实现土壤微生物生态系统与地球表层生态系统的结合。
其次，加强根际微生物探索。根际微生物是对植物根系有直接影响的土壤范围内生长繁殖的一种微生物，它和植物间是互生关系。微生物大量聚集在根系周围，将有机物转化为无机物，为植物提供有效的养料;同时，微生物还能分泌维生素、生长刺激素等，促进植物生长。
第三，丰富功能微生物群体。功能型微生物泛指对环境和人类生产、生活有促进作用的具有特殊功能的微生物菌株。由于人类社会发展，导致土壤、水体等诸多环境问题，如何利用微生物技术解决此类问题值得重视。
最后，实现先进技术与土壤微生物学科的集合。微生物学科是一个交叉的学科。在今后的发展过程中也要关注土壤微生物最基础研究，即土壤微生物的分离、培样、保存技术研究。只有众多研究技术高效结合，才能推进土壤微生物研究。
