大棚土壤连作危害是指蔬菜大棚由于长期施用生理酸性肥料，过量施用氮肥，使硝态氮大量积聚，同时有机肥施用偏少，土壤缓冲性差，会出现土壤酸化的现象，严重时作物会出现死苗、生长点坏死等现象。防治措施如下：
应用秸秆生物反应堆技术：秸秆在微生物菌种净化剂的作用下，定向转化成植物生长所需的二氧化碳，热量抗病孢子、酶、有机和无机养料，在反应堆种植层内，20厘米耕作层土壤孔隙度提高1倍以上，有益微生物群体增多，水、肥、气、热适中，对大棚蔬菜地土壤连作危害有治本的作用。
增施有机肥：有机肥养分全面，对土壤酸碱度、盐分、耕性、缓冲性有调节作用。
平衡施肥：化肥施用不合理，尤其是氮肥施用过多，是连作蔬菜大棚土壤危害的主导因素。因此，平衡施肥是大棚蔬菜高产、优质、高效的关键措施。
合理轮作倒茬：利用不同蔬菜作物对养分需求和病虫害抗性的差异，进行合理的轮作和间作、混作、套作，也可以减轻病害的发生。
深翻消毒：深翻可以增加土壤耕作层，破除土壤板结，提高土壤通透性，改善土壤理化性状，消除土壤连作危害。结合深翻整地用棉隆颗粒剂进行化学消毒，也可有效减轻连作危害的发生。
