商品有机肥的品种很多，而用于制作商品有机肥的原料更多，因此，在改良土壤的时候也应选择合适的商品有机肥。用于制造商品有机肥的原料，一是自然界有机物，如森林枯枝落叶;二是农业作物或废弃物，如绿肥、作物秸秆、豆粕、棉粕、食用菌菌渣;三是畜禽粪便，如鸡鸭粪、猪粪、牛羊马粪、兔粪等;四是工业废弃物，如酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣、糠醛渣发酵过滤物质;五是生活垃圾，如餐厨垃圾等;另外，河道、下水道淤泥也可作为生产有机肥的原料。
经过无害化处理以后，这些原料生产的商品有机肥都可用于有机蔬菜生产。但原料不同，其生产成本也不一样。而考虑到有机蔬菜生产，土壤改良应选择采用自然界有机物质、农业作物或废弃物以及禽畜粪便为原料制作的商品有机肥。
商品有机肥
而商品有机肥根据功能的不同又分为很多种类，在补充有机质的基础上添加甲壳素、生物菌等不同的功能物质，使得商品有机肥的效果又大大提升。较好的功能型有机肥，一是含有甲壳素的有机肥，甲壳素的功能很多，在有机肥中添加甲壳素，在改良土壤的同时可利用甲壳素抑制霉菌等有害菌的滋生、提高放线菌等有益菌的数量的特点减少土传病害的发生。当蔬菜定植后，甲壳素养根护根的作用也可充分发挥出来。真正达到改土防病、养根护根的效果。
二是含有生物菌的有机肥。生物菌与有机肥配合作用，能更快更好地改良土壤，它富含有益微生物菌群，环境适应性强，易发挥出种群优势，富含生理活性物质，如吲哚乙酸、赤霉素、多种维生素以及氨基酸、核酸、生长素等。
微生物菌剂
应特别注意，有些商品有机肥添加了氮、磷、钾的化学肥料以增加肥效，这种商品有机肥不是纯有机肥，是不能应用于有机蔬菜的。
