肥料和土壤一样各具酸碱性，有针对性选择施用酸碱肥料，不仅可以减少肥料的损失，还可以提高养分利用率，提高土地产出。
土壤有酸碱性之分，是因为土壤溶液中含有氢离子和氢氧根离子。当氢离子多于氢氧根离子，土壤呈酸性，反之呈碱性，两者相当为中性。同样，肥料施入土壤后均产生阴离子和阳离子，由于作物吸收的阴阳离子数量不相等，当植物吸收阳离子多于阴离子时，使土壤呈现酸性的肥料叫作生理酸性肥料;当植物吸收阴离子多于阳离子时，使土壤呈现碱性的肥料叫作生理碱性肥料;当植物吸收的阴阳离子数量相当时，土壤不会明显残留某些离子，对土壤酸碱度没有影响，就称之为生理中性肥料。
土壤的酸碱度可直接影响土壤中养分的有效性，还可以影响微生物活性，间接影响土壤养分利用和周转。在酸性土壤中，有效磷易与铁、铝形成磷酸铁、磷酸铝而降低有效性。土壤中的交换性钾、钙、镁等易被氢离子置换，易随水流失。
在碱性土壤中，磷易与钙结合，生成难溶性磷酸钙盐类，会降低磷的有效性，许多微量元素如硼、锰、钼的有效性也会大大降低，导致作物出现缺素现象，发生生理性病害。
一般根据土壤的酸碱性和作物对酸碱度的敏感程度选择化肥的种类。苜蓿、向日葵、甜菜等较耐碱;而燕麦、荞麦、马铃薯、甘薯等则较耐酸。养分通常在中性条件下有效性最高，因此要遵循在碱性土壤施用酸性肥料，酸性土壤施用碱性肥料的规律。
酸性土壤应该选用生理碱性肥料，如硝酸钠、硝酸钾、硝基复合肥，同时配合使用有机肥和石灰，减少土壤酸化影响的效果最好;碱性土壤应选用生理酸性肥料，如硫酸铵、氯化铵等，但是对于盐碱地不宜施用氯化铵和硝酸钠，以避免钠离子和氯离子过多造成的危害。
