铬污染土壤的微生物修复是在优化的操作条件下，通过生物还原反应，利用土壤中的土著微生物或向污染环境补充经过驯化的高效微生物，将六价铬还原为三价铬，达到修复铬的目。
虽然铬不能被微生物降解，但微生物自身的新陈代谢活动，可以起到影响土壤物理化学过程，同时减少重金属的毒害的目的。目前多种对Cr(Ⅵ)有还原作用的菌种已被分离出来，如硫酸盐还原菌、芽孢杆菌属、埃希氏菌属、阴沟杆菌、大肠杆菌、假单胞菌属等。
微生物修复技术分为原位修复技术和异位修复技术。其中，原位修复技术具有不破坏土壤结构，处理过程相对简单，处理费用相对较低，对周围环境影响小的优点。Valerie等将含铬泥土与链霉菌在培养基中混合培养，发现当泥土中六价铬浓度为1800mg/kg时，经过30d后，去除率达到100%，而且发现少量的Cu2+可促进六价铬的还原。Jeyasingh等从铬污染地分离到一株铬还原菌，厌氧条件下，当细菌浓度为15mg/kg土壤，碳源为50mg糖蜜/g土壤，六价铬浓度为5.6mg/kg时，20d后土壤中六价铬被完全还原为三价铬，而且大部分三价铬被土壤吸附，只有少许迁移到浸出液中。在好氧条件下，该菌也可以还原一定浓度的六价铬。
相比于其它方法，微生物修复技术的优点在于不破坏土壤环境，不会产生二次污染，可原地处理，操作简单、修复费用较低等，但微生物修复技术也有一定的缺陷。首先，当初始污染物浓度太高或太低时，微生物修复效果会降低。吴淑杭等研究表明，当初始Cr(Ⅵ)为50mg/L时，菌株Wn-11d对Cr(Ⅵ)的去除率达100%，初始Cr(Ⅵ)为100mg/L时，Cr(Ⅵ)的去除率为46.9%，初始Cr(Ⅵ)为200mg/L时，Cr(Ⅵ)的去除率仅有23.1%。有些情况下，由于污染物浓度太低，不足以维持降解细菌的群落时，以致于剩余的污染物就会留在土壤中。其次，微生物活性受温度、水分、氧气、pH等环境条件的影响。与其他方法相比，这一技术治理污染土壤的时间相对较长。再次，特定的微生物只能降解特定化学物质，一旦化合物状态有所改变，就可能不会被同一微生物酶所降解。最后，微生物体内吸收的污染物可能会因为其新陈代谢或死亡等原因又释放到环境中。
