单纯土壤施肥很多农民由于不了解配方施肥的科学内涵，盲目地认为只要拿到配方，按照要求把需要补充的肥料一次性施到地里就可以了。很多生产厂家为了大量销售产品，抓住这一特点，打着为农民服务的旗号指导农民施用肥料。在施肥上，往往只是指导农民进行土壤施肥，完全无视其他的施用方法和施用效果。
忽视土壤环境营养元素能否被作物吸收利用，不是一个单纯的数量补充问题，还受到土壤中多种因素的制约。如在偏碱性的土壤中，按照配方虽然大量补充了钙和铁等微量元素肥料，但是作物仍然缺钙和铁。沙性土壤和黏性土壤的施肥方法绝对不同。在这种情况下，单纯的土壤施肥根本解决不了作物缺肥的问题。
不考虑外界因素很多配方施肥措施没有考虑天气因素。在连阴天，尽管土壤施用了大量肥料，但是作物仍然缺少钾、钙、镁等肥料元素。在温室蔬菜的冬季栽培中，尽管按照测定的数值，给土壤施足了基肥和追肥，土壤中不缺大量元素、中量元素，也不缺微量元素，可是蔬菜仍然表现出缺氮、缺钾、钙等症状，生长发育不正常，产量不高。
脱离作物需肥规律不同的作物在不同的生育时期的吸肥规律不同，如瓜类作物，苗期需要的氮肥较多，生长中期则需要较多的钾肥;豆类作物苗期仍需要少量的氮肥，生长中后期需要大量的磷、钾肥料。
