农民每年从每亩土壤上收获了几千斤农作物及秸秆，几乎全部利用，却没有给土壤补充有机质。农民习惯单一施用化肥，传统的农家肥还田严重减少。
原来有限的土壤有机质在农作物吸收消耗和自然分解消失双重作用下逐年减少，微生物随之减少，团粒结构减少，土壤板结，土壤趋向贫瘠，农作物在这样不良的环境下生长，越来越处于亚健康状态，抵抗力下降，容易引起病虫害侵扰泛滥。
因此，维持土壤健康就需要不断补充必要的微生物，然而隐秘的土壤微生物世界是个弱肉强食、适者生存的生态系统，高菌活量并非菌肥质量的关键因素，菌种是否能在土壤中生存并发挥作用才是关键。
菌肥包括单一菌种的菌肥和复合菌群菌肥。在相同应用条件下，复合菌群的菌肥对比明显，抗病能力强，产量高。
复合菌群具有四方面特点
1全面的分解能力、全面丰富的营养供应能力、促进作物生长、协助防控病虫害。
2多种营养功能菌组成后勤补给部队，如乳酸菌、酵母菌、光合细菌;
3多种分解功能菌组成综合防御保障部队，如地衣、巨大、枯草等多种好氧芽孢杆菌，多种厌氧解纤维芽孢菌;
4多种防控病虫功能菌组成攻击部队，如多种放线菌、真菌、菌根菌。
有益菌与有机肥二者功能结合，就是生物肥料(俗称菌肥)。其与传统的肥料相比具有保护生态、改良土壤、农业废弃物资源的转化利用，提高肥料利用率，提高作物产量和品质，是一种环境友好的肥料。而生物肥料具备的优点，是完全符合我国农业可持续发展的产品。
