但中国农业仍同时面临结构和数量问题。程国强看来，中国农产品目前“结构性短缺和过剩并存，“多的还是多，没有的还是没有”。比如，玉米结构性过剩，大豆结构性短缺，小麦强筋麦和弱筋麦国内生产不出来，中筋麦又多了。南方籼稻多了，但还在增产。“粮食过了5亿吨台阶后，就应该在提质增效上下功夫”，而中国在粮食九连增之后，还是不断提高托市收购价格，“多了还要提价，必要性在哪里”。
中长期而言，一个共识是，随着中国城市化推进，肉蛋奶等消费量提高，玉米、大豆等饲料用粮将提升，需求增速将高于产量增速，算上大豆在内的粮食总自给率必然进一步下降。官方对中国农产品仍坚持“紧平衡”的判断，中国科学院农业政策研究中心主任黄季焜则提出，“中国农产品已经进入供需难以平衡，结构明显短缺的新阶段”。
对于视进口如猛虎者，许多专家都强调，各国资源禀赋不同，中国人均资源非常有限。“对粮食安全的定位要考虑一个很严酷的现实，土地资源自给率只有80%，只能满足国内90%谷物、油料等农产品的消费需求，必须利用外部资源。”程国强说。并且，这并不意味着“不安全”，中国恰恰需要对进口脱敏，当作常态来应对，制定和实施农业全球战略。
2013年底，中国综合考虑了未来的供需情况、生态压力、资源瓶颈等情况，确立了“以我为主、立足国内、确保产能、适度进口、科技支撑”的新粮食安全战略，首度将“适度进口”作为保障中国粮食安全的一部分，并由过去的“保全部”，更新为“保谷物”，其中，重中之中是保障“口粮绝对安全”。
主要农产品价格全面超国际价格
虽然粮食连年增收，主粮供应充足，但中国农业却面临许多深层次矛盾和当下棘手问题。“随着国内外环境条件变化和长期粗放式经营积累的深层次矛盾逐步显现，农业持续稳定发展面临的挑战前所未有。”2014年中央农村工作会议提出。
在粮食实现11连增的同时，陈锡文透露，2014年农民收入估计达到9700-9800元，增长9%左右。“两个最重要的指标都很好，为何我们感到问题很多？”中央农村工作领导小组副组长、办公室主任陈锡文在中央农村工作会议后召开的清华“三农论坛”上表示。
据悉，在中央经济工作会议上，中共中共总书记习近平总结了当前农业农村四大难题。一即“天花板”，国内主要农产品价格已经全面超过国际价格。二是“地板”问题，农产品成本仍在不断上升。三是补贴“黄线”。中国加入WTO时承诺，价格支持、与农产品现期产量、面积等挂钩的直接补贴等对贸易有较大扭曲作用的“黄箱补贴”不得超过产值的8.5%，据有关测算，中国已经到了这条“黄线”。四是生态环境对农业亮起了红灯。
“按原来的方式，走不下去了。”陈锡文说。
最直观的矛盾就是价差。更大的担忧是，大量进口将对国内农业、农民造成全面冲击。由于近几年国际农产品价格持续走低，中国早已突破第一条防线——国内价格远高于国际价格。据东方艾格监测，包括大豆在内的粮食综合价格国内比国际平均每吨要高出900元左右。不过，中国尚有第二道防线，三大主粮等主要农产品有配额制以及配额外较高关税保护，中国政府控制配额发放。2014年，谷物配额总计使用不到一半。进口增长较快的主要是大麦、高粱、大豆这些没有配额限制的品种。然而，2013年，就已出现过棉花、食糖国内价格高于进口配额外完税价格，进口棉花、食糖全面涌入的现象。
中央财经领导小组办公室副主任韩俊称，如果按现在趋势，不做政策调整，五到七年，到2020年左右，粮食就会冲破第二条防线，“到时候我们没有办法抵御国外低价农产品的强势冲击”。
程国强表示，“天花板”并不是固定的。然而，和国外相比，中国农业竞争力不强、“‘地板’提升趋势必然存在”，农产品价格跟国内成本比并不高。
如此，一方面，农业比较收益可能进一步降低。一方面，中国显然难以倚赖进一步提高价格补贴，保障农民增收。程国强还表示，在农业土地等资源不断减少的情况下，粮食11连增是以化肥、农药等投入品增加、农业开发强度濒临极限、生态环境牺牲为代价的。
重重矛盾如何化解？通过改革创新释放红利以及促进农业生产方式转变，成为重要命题。这些改革包括：改革政府直接收储的托市收购制度，实践粮食安全新战略，构建新型农业经营体系，深化产权改革等等。改革到了闯关的时候。
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