政府对农业给予各种名目的高额补贴，每年用于农业建设和价格补贴的各种资金高达4至5万亿日元，基本上相当于农业产值。
日本农业是在政府极力保护下生存下来的。可以说，没有政府极力呵护，也就没有日本农业。当然，这一政策也饱受争议。
日本农业规模很小。2013年，日本广义粮食自给率只有39%，农业产值约为国内生产总值的1%，除大米外几乎所有农产品需进口才能满足需求，是个典型的经济强国、农业弱国。
日本共有耕地450万公顷，其中40万公顷被荒弃。农业从业人员227万，平均年龄66.5岁，每户农民平均拥有耕地2.45公顷，基本上属于家庭式老人农业，在国际上毫无竞争力。
为确保粮食安全和保护农民利益，政府投入巨资对农业进行保护和扶持。日本对农业的保护和扶持主要体现在税制、补贴和控制农产品进口等方面。首先，采取以工养农政策，取消农业税赋。战后，随着经济高速发展，政府取消与农业相关的大部分税赋，并对从事农业生产的企业和个人在土地继承、所得税、赠与税等方面给予优惠。
其次，政府对农业给予各种名目的高额补贴，每年用于农业建设和价格补贴的各种资金高达4至5万亿日元，基本上相当于农业产值。根据《农业基本法》，政府制定农产品价格补贴政策，给许多农产品提供价格补贴。由于大米在日本是唯一自给有余的农产品，也是日本最重要的粮食作物，政府采用高价收购、低价销售的政策进行价格保护。在农产品中，大米补贴最多。政府每年还要对大米收购和销售价格进行调整，保证大米价格涨幅高于其他农产品。
在农业现代化设备补贴方面，规定农民或团体购买共同使用的机械设备由政府负担30%至50%的费用，以支持农业机械化和现代化。
此外，日本采取高关税和技术壁垒措施限制外国农产品进口。日本还采用浮动关税、差额关税和特惠关税等措施对农产品进口进行调节。以大米为例，日本大米进口量只占日本市场的约5%，进口关税一度高达490%，还有严格配额限制。日本市场上的大米均价为国际市场均价数倍，政府以竞标方式把进口额度拍卖给进口商，既控制总量又提高了价格。虽然日本产大米价格奇高，但因质量高、口感好，所以一直长期占据着日本人的餐桌。
近年来，日本农产品关税有所下降，但非关税壁垒日益突出，苛刻的技术指标成为保护农业的主要手段。例如，日本对农产品农药和化肥残留实施的标准，要比国际标准高出许多，让很多外国农产品难以进入日本市场。
日本对农业大力保护也引来质疑声。日本国内有人认为，正是政府的过度保护导致农产品价格昂贵，损害了消费者利益，还增加了财政负担。国外批评人士认为，日本的农业政策属于贸易保护主义，将不断引发贸易摩擦。
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