九部委《意见》称，近年来，农民合作社快速发展，在建设现代农业、促进农民增收、建设社会主义新农村中发挥了重要作用。但在发展过程中，一些地方重数量、轻质量，一些合作社有名无实、流于形式，制约了农民合作社作用的充分发挥。
针对合作社参与民间集资的问题。上述《意见》称，将稳妥开展信用合作，“农民合作社开展信用合作，必须经有关部门批准，坚持社员制封闭性、促进产业发展、对内不对外、吸股不吸储、分红不分息的原则，严禁对外吸储放贷，严禁高息揽储。”
《意见》还要求，各地要落实对农民合作社开展信用合作的监管责任，加强风险防控；对违反信用合作基本要求涉嫌非法集资的，依法进行处理和集中清理，对涉嫌严重违法的，移交司法机关追究法律责任；未落实监管责任、明确监管部门、建立监管制度的，停止审批。
合作社存监管漏洞
尽管类似规范农民合作社的政策早已有之，但实际合作社的非法集资仍存在。《每日经济新闻》记者调查了解到，有些跨村跨县经营的合作社，只要农民参与储蓄就是社员，合作社颁发的凭证不是存折，而是股金证，资金回报不叫利息而是分红。这就规避了“合作社对内不对外，吸股不吸储、分红不分息”等法律约束。
一名地方官员表示，合作社开展金融业务是非法的，但按照合作社规定，合作社成员出资、开展资金互助这类的信用合作并不违法，“合作社不会说自己是非法集资，而是说这是社员还返物资，购买化肥用的资金，非要等出事才知道。”
事实上，邯郸等地龙头合作社确实存在合法的外衣，像馆陶县的正信合作社，在社员存放资金后，他出具的都是社员股本证明，而且会给社员返还些种子肥料等。
目前，农民合作社的监管主要在工商局、农业局、农委等。银监会理应对开展信用业务的合作社有监管职责，但地方银监局往往以合作社没有金融牌照为由拒绝监管，而工商、农业等部门只有注册、业务指导方面的工作，无信用监管方面的职责，这使得农民合作社存在巨大的监管漏洞。
在监管漏洞下，大型农民合作社的资金去向成谜。按理说，合作社的资金来自于社员，也应该贷给社员，但是在各种诱惑下，合作社的资金并没有真正用于农业，有的甚至进入房地产等行业。一旦投资的项目失败，本金就难以回收，整个合作社面临崩盘的风险。
由于近期农民合作社各类经济案件频发，三农学界开始设计新型资金互助合作社。近日，珠海成立了一家名为 “斗门区新济水产专业合作社”，这是当地第一家具有内置金融性质的农民资金互助合作社。通过该合作社开展社员内部封闭性贷款，以资金合作带动养殖户 “全过程参与”和“全要素合作”，从而增强农户与市场的对接和谈判能力，这种合作社涉及的资金主要在村社内运行。
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