《河南省2013-2014年度冬春农田水利基本建设工作总结》也指出，河南省农田水利建设投入不足，缺口大，历史欠账多。特别是推行农村税费改革、逐步取消农村义务工和劳动积累工后，原有的投入政策、组织方式等被打破，新的机制和办法尚未完全建立起来，缺乏稳定的资金投入渠道。
2000年以来，随着政府财力提升，农业投入加大，小型农田水利建设迎来黄金时期，尤其是2008年以后，国家先后在湖北 、广西 、山东 、云南 、贵州开展小型农田水利重点县建设项目，由中央财政安排专项资金，省县两级财政根据中央财政的专项资金数额以5:2:1或5:2:0.5的配套率投入，不仅在财政资金总额上加大投入，也更加注重绩效考察以提升财政资金拨付和使用效率。今年7月，水利部启动了《全国抗旱规划实施方案》，2014年首年中央投资100亿元，其中中央对河南省投资2.59亿元。
但杨汴通表示，虽然国家不断加大对农田水利建设的投入，由于农田水利工程数量巨大，农田水利投入“僧多粥少”的局面一时难以改变。而且中央财政对小型农田水利建设的投入在政策上明确要求省县两级地方政府予以一定比例的配套资金，但是1994年分税制改革以后地方财政收入大幅度减少，也就使能够用于配套的资金数量非常有限，这一问题在经济落后的省份尤为突出。
“现在的县级财政都是吃饭财政，据我们了解，河南的很多县级财政收入，差一点的两三个亿，好一点的十几个亿，但财政支出都在二十个亿以上，这尚需中央的转移支付，所以再拿出钱来投入农田水利建设，对谁来讲都难办。”杨汴通告诉记者。
而从水利建设总体投资方向上看，长期以来我国水利建设“抓大放小”，主要投资集中在小浪底、南水北调等大型水利枢纽工程上，小型农田水利建设的财政投入依然严重不足。
2011年中央一号文件曾提出土地出让收益的10%用于农田水利建设，根据当时国土资源部发布的数据，2010年中国土地出让金总额达2.7万亿元，这对于解决农田水利资金短缺的问题起到一定作用。但是，这一政策在执行过程中仍然有很多不到位的地方。
杨汴通告诉记者，“土地出让收益不是土地出让挣的钱，比如土地出让卖了100万，其中有土地平整、配套设施等费用90万，那么其土地出让收益就只有10万，而如果成本是100万的话，就根本没有收益。况且土地出让收益主要是国土部门统计，水利部门不太掌握。另外，这笔钱主要用于小型农田水利设施，基本是灌溉的末级渠道、塘坝等，并不包括所有的小型水利工程，比如小型河道、小型水库就不包括在内。”
由于农田水利投入“撒胡椒面”，使资金短缺的问题更加突出。王保贵告诉记者，“现在农田水利资金非常紧缺，各个县的财政状况都不甚理想，又都在争取投资，所以资金分配的矛盾确实很突出。而且农田水利投资在平时并不具备紧迫性，所以资金的使用很难集中，这一特点也决定了资金分配本身就是一个问题。”
在抗旱的紧迫时期，这一问题表现得非常突出，“现在抗旱有抗旱资金，防汛有防汛资金，但是，抗旱资金相比于防汛资金的使用非常分散。因为在防汛方面，哪里决口了，优先安排资金就是了，但是在抗旱方面就非常难以集中。今年受灾面积是2700万亩，累计完成抗旱浇灌面积8000多万亩，但中央和省里一共就安排了1.4亿元，也就是说还不够浇两次的，你说这个钱怎么分配？”杨汴通表示。
“九龙治水”的问题则使本来就紧缺的农田水利资金投入更加无效率。记者在叶县调研过程中，水利局副局长宋东民告诉记者，“现在‘九龙治水’的问题依然非常突出，拿机井来说，能打井的除了水利部门外，财政部门、农业部门、国土部门、扶贫部门等各个部门都参与其中，但机井出问题后老百姓都来找水利局。农田水利资金在使用上缺乏整合，导致难以集中财力办大事。”
