七、农业机械试验鉴定办法（2005年7月26日农业部令第54号公布）
第十条增加一项作为第四项：“申请前三年内，未因违反本办法第二十八条第一、三、四、六项的规定被收回、注销农业机械推广鉴定证书和标志。”
八、草种管理办法（2006年1月12日农业部令第56号公布）
将第三十九条修改为：“草种质量检验机构的草种检验员应当符合下列条件：
“（一）具有相关专业大专以上文化水平或具有中级以上技术职称；
“（二）从事草种检验技术工作3年以上；
“（三）经省级人民政府草原行政主管部门考核合格。”
九、食用菌菌种管理办法（2006年3月27日农业部令第62号公布）
将第二十七条修改为：“菌种质量检验机构应当配备菌种检验员。菌种检验员应当具备以下条件：
“（一）具有相关专业大专以上文化水平或者具有中级以上专业技术职称；
“（二）从事菌种检验技术工作3年以上；
“（三）经省级人民政府农业行政主管部门考核合格。”
十、农作物种子质量检验机构考核管理办法（2008年1月2日农业部令第12号公布）
将第四条第二款修改为：“考评小组由3名或者5名考评员组成。考评员应当具有相关专业的高级专业技术职务、从事种子检验工作5年以上。”
将第五条修改为：“农业部的国家农作物种子质量检验中心，负责检验机构能力验证工作。”
将第二十八条修改为：“考评员在考评过程中有徇私舞弊、弄虚作假等违反考核纪律行为的，依法给予行政处分，不得再从事考评员工作；构成犯罪的，依法移送司法机关追究刑事责任。”
十一、执业兽医管理办法（2008年11月26日农业部令第18号公布，2013年9月28日农业部令2013年第3号修订）
将第十三条第二款修改为：“执业兽医师资格证书和执业助理兽医师资格证书由省、自治区、直辖市人民政府兽医主管部门颁发。”
十二、饲料和饲料添加剂生产许可管理办法（2012年5月2日农业部令2012年第3号发布）
将第三条第一款修改为：“饲料和饲料添加剂生产许可证由省级人民政府饲料管理部门（以下简称省级饲料管理部门）核发。”
将第四条修改为：“农业部设立饲料和饲料添加剂生产许可专家委员会，负责饲料和饲料添加剂生产许可的技术支持工作。
“省级饲料管理部门设立饲料和饲料添加剂生产许可证专家审核委员会，负责本行政区域内饲料和饲料添加剂生产许可的技术评审工作。”
将第七条第一款修改为：“申请设立饲料、饲料添加剂生产企业，申请人应当向生产地省级饲料管理部门提出申请。省级饲料管理部门应当自受理申请之日起10个工作日内进行书面审查；审查合格的，组织进行现场审核，并根据审核结果在10个工作日内作出是否核发生产许可证的决定。”删除第二、第三款。
将第十一条第二款修改为：“生产许可证有效期满需继续生产的，应当在有效期届满6个月前向省级饲料管理部门提出续展申请，并提交相关材料。”
十三、中华人民共和国渔业船舶登记办法 (2012年10月22日农业部令2012年第8号公布)
将第九条修改为：“渔业船舶只能有一个船名。
“远洋渔业船舶、科研船和教学实习船的船名由申请人在申请渔业船网工具指标时提出，经省级登记机关通过全国海洋渔船动态管理系统查询，无重名、同音且符合规范的，在《渔业船网工具指标申请书》上标注其船名、船籍港。渔业行政主管部门核发的《渔业船网工具指标批准书》应当载明上述船名、船籍港。
“公务船舶的船名按照农业部的规定办理。
“前款规定以外的其他渔业船舶的船名由登记机关按照农业部的统一规定核定。”
删除第十二条第二款。
将第十五条第二款第三项修改为：“渔业船舶检验证书、依法需要取得的渔业船舶船名核定书”。
将第三十四条第一款第三项第一目修改为：“远洋渔业船舶、科研船和教学实习船以外的渔业船舶船名变更的，提交渔业船舶船名核定书”。
