吴刚说，小南瓜和小黄瓜也不是转基因食品，仅仅是未充分成熟的南瓜和黄瓜。如果继续在田间种植，小南瓜和小黄瓜最终会生长成普通的大南瓜和老黄瓜。
关于大个儿彩椒，吴刚表示，大个儿彩椒含有不同类型的花青素，表现为更丰富的颜色。花青素的变异在植物中很常见，像鲜花同一个品种就有不同颜色，萝卜也有红萝卜、绿萝卜、白萝卜等。“我国曾经批准过抗病毒甜椒的商业化种植，但与常规甜椒相比，转基因甜椒并没有明显优势，因此被市场自然淘汰。”
吴刚说，在有些品种中，突变产生的颜色甚至取代了野生的颜色，成为栽培品种的主流，如原始的胡萝卜以紫色居多，现在最常见的橙色胡萝卜是荷兰育种家根据荷兰国旗颜色选育出的。因此，目前市场上在售的果蔬，其颜色跟转基因没有什么关系。
王志兴解释，棉花、辣椒、玉米、水稻等有不同颜色，是天然存在的遗传基因差异，并非转基因的结果。比如彩色棉花从古就有，但由于彩色棉花纤维短、强度差，过去很少种植，而现在因为不染色吸引了部分消费者，农民就开始种植了。彩色辣椒也是天然存在的，只是过去未大面积种植，普通消费者很少见到。
吴刚表示，以上这些瓜果蔬菜都是常规育种手段非常容易做到的，用转基因反而是不经济的做法。“常规育种主要通过选育获得具有新性状的新品种。这里面很重要的一个工作就是‘选’。自然发生的基因变异，往往也是随机发生的。”吴刚解释说，“无论大小、颜色，在自然界的自然突变体中，都可以找到。育种家做的工作仅仅是将这些突变体找到，并和其他好的性状聚合到一起，成为品种。”
吴刚介绍，番茄、甜椒、南瓜、黄瓜在国内外都曾有转基因研究并获得转基因植株，其中仅有番茄与甜椒获得过世界范围内商业化种植的批准。商业化种植过转基因番茄的国家有美国（6种）、墨西哥（3种）、日本（1种）、中国（1种，“华番一号”）等。
吴刚解释，早期没有延熟番茄，转基因的延熟番茄储藏期长是个优势。但随着科技的发展，育种家们获得了非转基因的延熟番茄，转基因番茄在储藏方面的优势不再，产量低就成为很大一个问题，又因皮厚口感差，直接被市场淘汰。
“自从1998年以来，全世界已经没有新的转基因番茄获准商品化种植。在我国，转基因番茄已经退出市场。”吴刚说。
1999年英国的权威科学杂志《自然》刊登了美国康乃尔大学教授约翰·罗西的一篇论文，指出蝴蝶幼虫等田间益虫吃了撒有某种转基因玉米花粉的菜叶后会发育不良，死亡率特别高。有一些证据指出转基因食品潜在的危险。
但更多的科学家的试验表明，转基因食品是安全的。赞同这个观点的科学家主要有以下几个理由。首先，任何一种转基因食品在上市之前都进行了大量的科学试验，国家和政府有相关的法律法规进行约束，而科学家们也都抱有很严谨的治学态度。另外，传统的作物在种植的时候，农民会使用农药来保证质量，而有些抗病虫的转基因食品无需喷洒农药。还有，一种食品会不会造成中毒？主要是看它在人体内有没有受体和能不能被代谢掉，转化的基因是经过筛选的、作用明确的，所以转基因成分不会在人体内积累，也就不会有害。
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