在建设用地方面，由于国土资源部对建设用地指标控制很严，也导致建设用地瞒报成风。“土地二调”中“新增”4000万亩建设用地，主要就是市县政府在GDP增速、土地出让金的压力之下，违规违法占地未被统计在内。
中央农村工作领导小组办公室主任陈锡文曾表示，“每年的土地指标差不多都被省、市瓜分完了，到了县里已经所剩无几，但县里的建设却照样搞得红红火火。”
对于国土资源部方面为何迟迟不对外公布“土地二调”的成果，前述国土资源部专家的解释是，2010年国土资源部就曾将“土地二调”情况向国务院做了汇报，考虑到公布结果可能造成地方违规征地再掀高潮，有关方面最终还是对“土地二调”结果采取了保密手段。从2009年开始，在每年发布的《中国国土资源公报》中，再没有出现新的全国耕地面积数据。
重启退耕还林
在实施3年多的保密措施之后，国土资源部之所以要公布“土地二调”结果，除了是要与中央推进新一轮土地改革、新型城镇化建设等政策相配套，还有一个极为重要的目的就是，重启“暂停”多年的退耕还林政策。
退耕还林是朱镕基总理在任时于1999年做出的一项重大决策。政策出台的背景是为了保护生态环境，同时提高农民收入。
在退耕还林政策实施的第二年，国内粮食总产量开始下跌，一直延续到2003年。全国粮食总产量从1998年的最高位51229.5万吨下降到2003年的43065万吨，一下退回到十年前的粮食生产水平。有一种观点认为，除了干旱、农民种粮积极性不高之外，更重要的原因是城市发展大量占用耕地，以及一些地区盲目推行“退耕还林、退耕还草”政策，导致全国粮食生产面积大幅锐减。
为了提高农民种粮积极性，从2004年起，中央开始推出粮食直补、粮食最低收购价等政策。到2006年国家开始彻底取消农业税和农业特产税，对农民的粮食直补、良种补贴等政策的支持力度也进一步加大。受粮食直补、免交农业税等政策推动，2007年全国粮食总产量终于再度超过50000万吨。
2007年下半年，国务院在安排国土资源部开展“土地二调”之后，于8月9日又下发了《关于完善退耕还林政策的通知》，宣布停止退耕还林工程，同时还明确，在退耕还林补助政策期满后，中央财政将继续对退耕农户给予直接补贴，以保障退耕农户的利益不受损害。
前述国土资源部专家告诉经济观察报，现在中央决策层认为，退耕还林并不会影响粮食产量，也不会影响18亿亩耕地红线，退耕还林的土地都是一些25度以上陡坡地、严重沙化的土地，而中国粮食产量已经实现连续十年丰产、高产，下一步实施退耕还林、还草政策，不仅可以保护生态环境，还可以促进草业发展，增加畜牧业产量，在肉、蛋、奶等畜产品方面也对粮食安全起到重要补充作用。
前述国土资源部专家补充表示，从近年全国粮食产量来看，特别是以前西部退耕还林比较多的省份，对粮食产量的影响很小，部分省份的产量还有提高，这说明退耕还林在保护生态环境的同时，并不会造成粮食减产。
经济观察报还获悉，目前国家发改委、财政部、国家林业局等方面正在筹划重启退耕还林工程，国家林业局退耕办方面也已经着手编制退耕还林工程规划，内蒙古、贵州、甘肃、湖南、湖北、四川等省份也都已经向国务院递交了重启退耕还林工作的报告。预计明年两会前后，全国范围内的退耕还林工程将重新启动。
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