产业集中度较低，企业规模较小。我国现有农药原药生产企业500多家，布局分散，规模较小，至今尚无具有国际竞争能力的龙头企业，前10家农药企业销售收入占全行业的比例仅为21.9%，销售额5000万元以下的原药生产企业约占50%。
科技创新能力弱，技术装备水平低。目前我国农药品种仍以仿制为主。绝大多数农药企业研发投入占销售收入的比例不到1%，品种档次、质量与发达国家相比还存在较大差距，基础研究薄弱，新产品开发后劲不足。目前只有少数企业在个别产品生产中实现了连续化、自动化，大多数企业仍然采用工艺参数集中显示、就地或手动遥控。
绿色环保产品少，高毒高残留农药仍未淘汰。目前，适合我国国情和农业生产方式的绿色环保农药品种发展缓慢，高毒高残留农药品种仍占一定比例，特丁硫磷、甲拌磷、甲基异柳磷等20多种高毒农药品种仍需进一步削减和替代。
环境资源问题突出，废弃物缺乏有效处置。农药原药生产未反应的原料和副产物回收率低，废水含盐高、难降解有机污染物浓度高，一些特殊污染因子缺乏有效的处理手段。大部分原药生产企业不具备有效处理特殊污染物的能力。制剂中含有毒有机溶剂的品种仍较多。农药包装废弃物回收尚未全面开展。
