自2004年开始实行农业直接补贴政策，我国农业生产连续六年获得大丰收，农业直接补贴功不可没。当然，作为一项新政策也存在需要不断完善的地方，近来，主张对补贴方法和方式进行调整的呼声不断出现。其中，虽不乏有针对性的建议，但有些意见很值得商榷。
有些同志主张按照粮食销售量或实际种粮面积补贴。认为目前按照耕种面积补贴，农民究竟种不种、种什么以及产量多少，都可以拿到补贴，不能增加政策的有效性。制定任何政策都必须考虑其运行成本和可操作性。我国有一亿八千万个农户，户均六七亩土地，而且地块儿分散、种植种类繁多、生产调整频繁。如果每年都要求调查统计清楚每户粮食生产销售数量或实际种粮面积，那需要花费多少工夫和成本？而且事实上也根本做不到。如果调查统计不准确，就会引发攀比和矛盾；我国农业补贴范围在不断扩大，今年良种补贴就扩大到马铃薯、青稞和花生。对于我们这样拥有十三亿人口的大国，不仅存在粮食安全问题，其它农产品如油料、棉花以及蔬菜，也存在安全问题，农业直接补贴将有可能覆盖全部种植作物。1993~2003年，我国实行粮食保护价制度，由于补贴通过国有粮食收购企业来实现，大量的补贴在这个中间环节被截留或流失，农民并没有得到很多好处。现在，绝大多数中小农户基本上都是通过中间商销售粮食，若按照粮食销售数量补贴，就会重蹈上述覆辙；至于撂荒地也享受补贴问题，在个别地方确实存在。但由于农产品价格偏低，极少数农民土地撂荒，不仅能够休养土地，还可以调整粮食市场供求态势，避免谷贱伤农现象进一步恶化。
有同志认为，近几年，土地转包增多，不少农民工外出打工，土地租给别人种，但国家给的补贴照拿。实际种地的人拿不到补贴，不种地的反倒能够拿到补贴，有悖政策目标。另外，有些农民去世，补贴仍然算在他的名下，有人戏称为死人拿补贴。关于土地流转中农业补贴归属问题，中央有关部门曾出台过指导性意见，建议由租赁双方协商解决。土地租赁本来就是双方协商的结果，农业补贴自然也是协商的内容，所以，政府不宜作出硬性规定。我国农村土地承包长期不变，但土地转包形成的租赁关系却经常变化。为了减少农业补贴发放工作的失误及其引发的纠纷，发给原承包人也较为适宜。政府可以在必要的时候，对土地租金实施上限控制，并允许农业补贴冲抵租金，以提高转包农民的种粮积极性。死人拿补贴是一种误解。家庭承包经营的承包主体是农户，合同上的承包人实际上是法定代表人。承包人去世了，但家庭承包关系还存在，在土地登记没有变更之前，农业补贴还只能暂时以他的名义发放。在我国现有土地承包法框架内，土地允许继承，而且在承包期内，增人不增地、减人不减地。原法定承包人去世，其继承人应及时变更登记，以免引起误会。
还有人提出，补贴直接发放到农民手中，导致资金很分散，不如集中起来使用，搞点农业和农村基础设施建设。任何政策都有其明确的目标性，农业补贴旨在提高农民种粮积极性、增加其收入。有些同志想干点实事，需要给予资金扶持，这样的机制原本就有，比如一事一议财政奖补、六小工程建设等等，支农项目还有很多，他们可以积极争取，有的是机会。但是，千万不要乱动农民手中的利益。
目前，农业补贴按照耕种面积、采取一折通形式直接发到农民手中，相对来讲，路径短、漏洞少、农民受益效果好，必须毫不动摇地坚持并加以完善。
一要建立健全农业补贴动态调整机制。把农业补贴调整与农业普查结合起来，通过农业普查严格核实农户的耕种面积，及时调整补贴计量基数，以提高补贴的准确性和公平性。坚持“价补统筹、动态调整、只增不减”的基本原则，统筹考虑农资涨价幅度、粮价变化水平和财政补贴力度等因素，调整每年的补贴标准。
二要探索建立农业综合补贴政策。我国现行的农业直接补贴政策属于分项补贴，包括粮食直补、农资综合直接补贴、良种补贴和农机补贴等等。存在资金分散激励效果低、不便于监督等问题。可考虑将它们合并起来，建立农业综合直接补贴制度。鉴于各项补贴的目标性差异，为防止引发部门权利争执，原项目给予保留，但统一按照耕种面积、以一折通形式、由原渠道发放。
三要注意防止补富不补穷倾向继续扩大。种粮大户为保证我国粮食安全所做的贡献大，农业补贴应向他们倾斜。但广大中小农户同样为我国粮食安全做出了贡献，哪怕是自产自需，也是在减少市场需求压力，西汉时期，实行输粟授爵政策，促进了农业发展，经验可鉴。
