从最新公布的《新型农业经营主体发展指数调查（三期）报告》可以看出，实行无公害、绿色或有机农产品认证增强了新型农业经营主体的盈利能力，政府应进一步加大支持力度，推进农产品认证工作，完善认证奖励和补贴制度，促进更多新型农业经营主体实行农产品质量认证，增加农业收益。但是实行无公害、绿色或有机农产品认证对家庭农场的赢利能力却有负面影响，可能是导致新型经营主体认证率低的主要原因，应进一步完善农产品价格传导机制，实现农产品“优质优价”，多元化推动农产品认证体系的发展与完善，尤其重点关注家庭农场的价格传导机制，找出阻碍家庭农场通过认证提高收益的原因。
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此外，新型农业经营主体绿色生态可持续生产仍有提升空间，家庭农场和种养大户在化肥、农药、农膜等方面的投入较多，相比于中部地区和西部地区，东部地区的新型农业经营主体在这方面的投入最多。
应对这个问题，首先应贯彻落实国家现有政策法规。依据《到2020年化肥使用量零增长行动方案》，推进精准施肥，调整化肥使用结构，改进施肥方式，用有机肥替代化肥。《方案》提出，重点在“控、替、精、统”四个字上下功夫，控制病虫发生危害，高效低毒低残留农药代替高毒高残留农药、大中型高效药械替代小型低效药械，推行精准科学施药，推行病虫害统防统治。其次，增强新型农业经营主体对绿色生产方式的重视程度。对种养大户和家庭农场而言，化肥、农药和农膜的投入量较多，都呈现增加态势。尽管国家鼓励和建议使用有机肥和高效低毒低残留农药以及精准施药，但仍要进一步引起重视。先从新型农业经营主体开始，发挥其引领作用，引领全国农业走向绿色发展道路。再次，研发更为高效的有机肥、混合肥和低毒农药，降低价格，为施用和推广提供激励。一方面，尽管现有政策规定对有机肥的生产和销售免税，对销售或进口农药和化肥减税，但这仅是经营方面的举措，应把更多政策落实在使用方面。另一方面，研发更为高效的有机肥、混合肥和低毒农药，促使农民为提高生产效率而选择更为绿色的生产方式。最后，对不同地区的污染问题，给予不同程度的重视。为了更精准有效地减少农业污染，需要控制和减少东部地区新型农业经营主体在农药、化肥、农膜等方面的投入。
新型农业经营主体采用节水灌溉技术的占比仅为35%。应继续在新型农业经营主体间大力推广节水灌溉技术，提高节水意识。分析发现，新型农业经营主体负责人受教育水平越高和经营规模越大，采用节水灌溉技术的概率越大，因此应提高企业人力资本，鼓励新型农业经营主体进一步实现适度规模经营。此外，可以鼓励农民专业合作社和农业产业化龙头企业承担起对农户的带动作用，为内部成员开展节水灌溉技术培训、灌溉设施维护等，动员农户以集体为单位，大力推广采用节水灌溉技术。
调研显示，农业产业化龙头企业使用清洁能源呈上升趋势，但上升幅度较小，存在很大提升空间。在发展过程中，龙头企业需要更多地向低消耗、低排放趋势转变，积极采用与推广节能减排先进技术，逐步淘汰传统、落后的生产技术，并进一步使用清洁能源替代传统能源。政府应该将农业产业化龙头企业节能减排列入对农业产业化龙头企业的考察与管理之内，促进农业产业化龙头企业积极转型，承担节能的社会责任，以一种低成本、友好型的生产形式代替高能耗的落后生产模式。
继续促进新型农业经营主体采用涵养土地的生产方式，实现农业的可持续发展。数据显示，有17.76%的牧地草地类家庭农场实行轮休，21.62%的牧地草地类种养大户实行轮休，比例仍然较低。应针对新型农业经营主体建立合理的土地轮休补助，促进更多新型农业经营主体采用可持续的土地利用方式。
