根据股份合作社不同发展阶段的特点，应选择不同的收益分配方式。在发展培育期，为保证合作社的发展壮大与各方投资者的投资积极性，可考虑倾向使用修正夏普里值法。在成长期，应考虑效率与公平兼顾，修正夏普里值法与核仁法兼用。而在成熟期，股份合作社发展到一定规模后，应考虑回归合作社的本质，更多地考虑公平，使用核仁法。在分化期，则需要根据合作社的再生发展方式，选择收益分配方式。另外，现实中采用哪种方法，还依赖于各方在不同阶段的讨价还价能力。
2013年“中央一号”文件强调大力发展多种形式的新型农民合作组织。为扩大合作社规模与实力，各地纷纷组建合作联社或股份合作社。在股份合作社的创建及发展过程中，面临的核心问题是如何做好收益分配，以保障股份合作社又好又快发展。
多元化投资形成股份合作社
与传统合作社相比，股份合作社最大的特点是股份来源多样化。股份合作社吸引了多方外部涉农投资者参股合作社，包括供销社、农技部门、基层组织、龙头企业、运销大户、生产大户等，他们各自会以自己的优势资源进入合作社。这些资源在某种程度上具有专用性投资的性质，如龙头企业会以资本资源、人力资源、设备资源等进入合作社等。
一般的合作社仅按照“交易额返还”原则进行利润分配，这对于成员同质性的传统合作社是适用的，但对于股份合作社来说，就会导致异质性农户间的“搭便车”和资源分配不合理，造成低效率。即只有低质量农户加入合作社，并驱逐高质量农户退出合作社而直接与企业交易。
随着合作社的发展，客观上需要对资本要素进行利润补偿。收益的合理分配是股份合作社能够取得盈余、合理分配利润并保障正常运行的关键。那么，在效率与公平的标准下，合理的事后收益分配的比例为多少？
分配方案：效率与公平的抉择
1984年青木昌彦指出，企业内部的权利分配是企业内部各要素拥有者作为缔约方、讨价还价后的一个合作博弈解，农民合作组织同样也是农民之间合作博弈的产物。因此我们运用合作博弈模型，分析合作社中成本收益分配问题。
第一，收益分配的修正夏普里值方案，侧重效率。传统的夏普里值按照参与合作成员的边际贡献率，进行利益分配。这对于成员异质性较小的合作社利益分配具有一定的合理性，但是对于存在专用性投资的股份合作社，夏普里值的分配方式忽视了各方专用性投资的作用，忽视了股份差异对收益产生的影响，尤其是某些外部股份不对交易额产生直接贡献时。另外，由于人数较多，单个农民的夏普里值可能小于其实际持股比重，采用传统夏普里值的分配方式，违背了合作社“民管、民办、民受益”的原则。与一般的投资相比，专用性投资的可撤出性下降、沉没成本上升，专用性投资大的一方必然要求更高的收益分配。股份合作社中，农民以土地入股是最常见的一种专用性资产投资，并且占农民投资入股的比重较高，按夏普里值计算时都无从体现。
基于股份合作社中各方专用性投资的修正夏普里值分配方案如下。首先，按照传统夏普里值进行收益分配；然后在此基础上，对于某一方的专用性投资水平大于合作社各方的平均专用性投资水平的部分，增加其部分收益；对于专用性投资水平小于平均水平的某方，则减少其收益，减少与增加的标准可由各方在制定合作社分配方案时商定。以上调整过程考虑了不同的股份与专用性投资对合作社的贡献，并体现在收益与收益权中，保护了专用性投资比例较高的农户利益。
第二，收益分配的核仁法方案，侧重公平。核仁法的基本思想是，在分配属于核仁的条件下，最不理想的联盟也要优于其他分配的最不理想的联盟。核仁法与夏普里值法一样，具有稳定性，其解必定唯一且可行。
基于核仁法，考虑专用性投资水平的股份合作社收益分配方案如下。首先，合作社各方（或其代表）把一致认为对合作社产出作出贡献的重要指标列出，如资金、劳动、专有技术、品牌、渠道等；在考虑股份与专用性投资两方面的情况下，利用专家打分法或层次分析法，评定出各方在这些指标下的权重分值。其基本标准是：股份占比越大，权重越大；专用性资产占比越大，权重越大；每方的最终占比，一般位于股份占比与专用性投资占比之间。然后，利用核仁法的标准步骤计算各方的收益，由于此时各方的权重分值已经考虑了专用性投资，因此，直接计算出的收益分配即是考虑了专用性投资的收益分配方案。
对农户而言，由于资金相对短缺，入股合作社的股份一般为土地或苗木等实物，专用性较高，核仁法的原则为最小各方的不满意度。与传统的按照股份分配的方式相比，其收益权的分配是相对有利于专用性投资占比较高的农民的。
分配方案选择因发展阶段而异
夏普里值法与核仁法均属于合作博弈的单点解，即合作博弈的解是唯一的。夏普里值法强调边际贡献，核仁法更偏向于公平。夏普里值体现的是一种功利主义的“公平”；而核仁法体现的是平均主义的公平性，是一种同情与保护弱势群体的分配方案。
当股份合作社处于不同的发展阶段，发展目标会有所不同。在其培育期，目标是加快合作社实力扩张，鼓励不同股份多作贡献。在其成长期，目标是引导合作社逐渐规范，保持合作社稳定成长。在其成熟期，目标是稳定合作各方维持合作，共同分享合作收益。在其分化期，其目标是平衡合作社各方利益关系，实现合作社的再生式发展。因此，根据股份合作社不同发展阶段的特点，应选择不同的收益分配方式。在发展培育期，为保证合作社的发展壮大与各方投资者的投资积极性，可考虑倾向使用修正夏普里值法。在成长期，应考虑效率与公平兼顾，修正夏普里值法与核仁法兼用。而在成熟期，股份合作社发展到一定规模后，应考虑回归合作社的本质，更多地考虑公平，使用核仁法。在分化期，则需要根据合作社的再生发展方式，选择收益分配方式。另外，现实中采用哪种方法，还依赖于各方在不同阶段的讨价还价能力。
