电控柴油机除了会出现与传统柴油机相同的机械故障外，还会出现因电路系统、控制系统因素导致的软性故障。因此，对于电控柴油机而言，除了机械故障（如拉缸、烧瓦抱轴等）可以直接凭经验判断外，很多软性故障（如ECU故障、电路线束故障等）是不能凭经验解决问题的。这需要使用故障诊断仪器检测故障，并根据故障码找出故障原因后加以排除。
因此，在诊断和排除电控柴油机故障时，诊断仪和故障码就是显得非常重要。没有这两样东西，有时会寸步难行。但是在某些情况下，柴油机出现故障后，并无故障码显示，这就需要维修人员凭经验或采用其他方法诊断和排除故障。
电控柴油机故障诊断方法
对于电控柴油机的机械类故障，完全按照传统柴油机故障诊断方法进行诊断和排除。对于，电控燃油喷射系统的柴油机而言，下列故障诊断方法是必须掌握的。
1.观察法
通过观察柴油机的排烟等故障特征，判断故障情况。
2.听诊法
根据柴油机异常声音凭听觉判断故障部位性质及程度。
3.比较法
对某些总成或零部件，采用换件比较的方法确定是否存在故障。
4.断缸法
停止某缸工作，借以判断故障是否出现在该缸。断缸法一般是向怀疑出现故障的气缸停止供油，比较断缸前后柴油机的状态变化，为进一步查找故障部位或原因缩小范围。注意的是，与机械喷油系统不同，电控共轨喷油系统不能用拧松高压油管的方法断油，而必须用拔掉喷油器线束的方法断油。
5.故障灯诊断法
当机器出现故障时，可以通过整车仪表盘上的闪码灯读出闪码，参照闪码表初步判断错误原因。
6.专用诊断仪工具
用专用故障诊断仪可以进行较进一步的判断。
特别说明：诊断柴油机是一项仔细而认真的工作，在未弄清成因之前，不要乱拆乱卸。否则，不仅不能消除故障，反而会因装配不当而造成更为严重的故障。
