我国过去传统农业生产主要考虑的是满足社会对粮食等农产品的需求，追求的更多是社会效益，较少计较经济成本，甚至围湖造田、毁林开荒，不惜牺牲生态环境，以图取农业生产发展。随着改革开放，农业日益市场化，特别是进入新世纪新常态，粮食自给问题基本解决以后，农业经济效益日益受到重视。然而，以经济效益为中心，又往往忽视了农业的生态和社会效益，比如过量使用化肥农药，为追求经济效益降低复种指数，甚至弃耕抛荒等。只考虑社会效益或片面以经济效益为中心，都有当时特定的历史背景，有一定的合理性，但是到了现代农业发展新阶段，进入农业发展新常态，仅仅重视某一类效益是不可取的，应该将经济效益与生态效益、社会效益统一起来。只有依照生态经济的规律，在农业生产中同时取得相应的经济效益与生态效益，并且提升人们的生活质量，才能确保整个社会的长久利益，才是可持续农业发展模式。
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农业经济、生态、社会三类效益的表现特点和影响各不相同。社会效益表现最直接最迅速，经济效益表现比较缓慢，生态效益表现最为长远和间接，从这个角度看，三者关系的实质是农业近期、中期和长期效益的关系。农业经济、生态、社会三类效益追求的目标也各不相同，经济和生态效益的要求相对较为单一，社会效益目标是综合性的，它包含了经济与生态效益，有了经济效益和生态效益，农业的多种功能得以发挥，社会效益就体现出来了。从这个角度看，三者关系的实质是农业局部利益与社会全局利益的关系。
当前正确处理农业经济效益、生态效益、社会效益的关系，应从追求眼前经济效益为主，逐步过渡到追求经济效益、生态效益、社会效益并重，近期和长期利益兼顾的发展模式上来。把保护环境和提高农业资源的利用与满足社会需要相结合，达到生态合理和持续发展之目的。把传统农业技术的精华和现代农业技术按照生态优化的规律加以集成，建立起具有生态合理、经济高效的现代化持续农业发展模式。使农业经济的增长与农业生态环境的改善结合起来，达到经济效益、社会效益和生态效益的统一。
一是指导思想上要克服经济效益至上的价值追求。在一般情况下，生态效益与经济效益是一致的。大量事实证明，青山绿水之处，多为鱼米富庶之邦；荒山秃岭之地，多是贫穷困苦之乡。有的地方由于长期过度砍伐森林，导致严重的水土流失和农作物产量急剧下降，甚至引发气候异常，环境不断恶化，最终加剧贫困。这就要求人们在开发利用自然资源时，遵循生态经济规律，使生物群体与环境之间的能量转化和物质循环达到最佳状态，以充分发挥生态效益，进而实现最佳的经济效益。为此，在处理生态效益与经济效益的关系时，要以良好的生态效益为前提条件，对可再生资源的开发利用必须用养并重，保持永续利用；对不可再生资源的开发利用也要遵循不破坏生态系统平衡的原则，做到对局部有利，对全局也有利，对当前有利，对未来也有利。
二要处理好农、林、牧业之间的关系，做好退耕还林还草工作。农、林、牧业之间存在着密切的相互制约、相互依存的关系。农业为畜牧业提供饲料，而森林覆盖能够调节气候，涵养水源，保持水土，防风固沙，为农业、牧业高产稳产提供保障，发展畜牧业则为农业提供肥料，肥多粮多，从而促进农业的发展。为此，要大力发展林果业，扩大绿色植被面积，提高森林绿地覆盖率。治水之本在治山，治山之道在兴林，山青才能水秀，林茂并且粮丰，农民才能致富。
三要调整农业内部结构。一业为主，多种经营，立体种植、种养结合，逐步实现生态农业“整体、协调、循环、再生”的理想模式，提高资源利用率和农业生态系统的生产力，增加农业经济收入。严加制止那些具有破坏性掠夺式开发自然资源的不良行为、不顾生态后果的生产方式。当前要按照稳粮、优经、扩饲的要求,加快构建粮经饲协调发展的三元种植结构。
四是促进农村一二三产业融合发展。一二三产业融合，最大的好处就是能够把产和销之间多余的环节缩短或者是砍掉，这样留在生产环节的利润就能提高。同时农业与其他产业交叉融合，比如农业与文化、观光旅游业的融合，赋予农业科技、文化和环境价值，极大拓展和提升农业功能。未来农村一二三产业高度一体化，会使现代农业成为“接二连三”的集成产业，成为拉动我国农业农村经济发展的新增长极。
五是积极培育现代农业新业态。现代新的生产技术和新型经营模式向农业渗透，与农业融合，催生出了许多新的农业产业形态。目前发展很快，比较成熟的新业态主要有设施农业、生态农业、休闲观光农业和农村电子商务等，这些新兴业态不仅产出高、效益好，而且生态环保，社会效益良好，具有强大的生机活力和广阔的发展前景。
