近年来，农民合作社在不断规范完善中得到蓬勃发展，新形势下正步入提质增效、规范运行的新阶段。财务管理作为合作社经营管理的重要基础，其管理规范与否，核算是否到位，直接关系到合作社自身建设的规范化。夯实财务管理基础，对推进合作社健康有序运营至关重要。
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当前合作社财务管理问题透视
截至2016年11月末，全国依法登记的农民合作社达到177.4万家，实有入社农户10697万户，约占全国农户总数的44%。目前比较乐观估量，合作社财务管理整体状况可以说是“好中差”三分天下，尤其在“成员账户”运用、财政扶持资金处置、盈余分配、民主管理、社务公开等方面仍存在诸多弱项短板，亟待重视，克弱补短。
一、“成员账户”运用欠规范。调研发现，合作社虽说都建有“成员账户”，但往往只记载成员初始出资额了事，缺失实质内容，而“成员账户”是合作社年终分配盈余的重要依据。
二、财政扶持资金会计处理随意性大。目前越来越多的合作社承担了国家财政扶持项目，各项农业补贴扶助资金也逐年向合作社等新型经营主体倾斜。如何指导合作社建立项目资产管护机制，引导国家补助项目形成的资产移交合作社管护和持有，意义重大而必要。调研发现，一些合作社没能按照制度规定对财政扶持资金进行恰当的会计处理，使国家扶助资金形成的资产未能实时体现在“资产负债表”上，而成为“账外”游离资产。
三、合作社税收优惠政策执行不到位。调研情况看，目前国家给予合作社的税收优惠政策并没有真正落到实处。究其原因：一是合作社财务人员对税收优惠政策和纳税申报程序不熟悉，且大部分合作社存在没有向税务机关办理免税申报和登记备案的概念；二是管理核算不到位。目前相当部分合作社会计账簿难以准确反映应税项目和免税项目、应税收入和免税收入。由于票据凭证不合规，也无法准确确认收入和费用的真实合法性。
四、民主管理、社务公开弱化。通常情况下，由于合作社理事长等核心成员的现金出资占比较大，其往往混淆了合作社与股份制公司的本质区别，认为出资额大就理应自己说了算，使得社里主要事务多由理事长等核心成员拍板定案。还有相当一部分合作社没有建立完备的组织架构，理事会挂名，监事会缺位，成员（代表）大会虚置，定期公开社务也很难真正体现。
五、合作社盈余分配合理性直面挑战。目前合作社盈余分配普遍存在逆向选择和道德风险之忧，出现了实物和现金出资额多的核心成员侵占其他成员利益的现象。《农民专业合作社法》规定，合作社当年盈余分配按两个层级梯次进行，第一层级按成员与合作社的交易量（额）比例返还给成员，返还总额不得低于可分配盈余的60%，具体量比依合作社章程决定；第二层级按前项返还后，应付给成员的可分配盈余的剩余部分，即以“成员账户”记载的出资额和公积金份额，以及本社接受国家财政直接补助和他人捐赠形成的财产平均量化到成员的份额为基础，按比例分配给本社成员。2015年农业部农经统计资料显示，全国30个省、区、市（未含西藏）有133.6万家合作社按交易量（额）返还，然而返还比例达到60%以上的合作社仅22.69万家，占合作社总数不到17%。调研所接触的合作社，大多也没严格按照法定要求分配盈余。出现这些问题归因是，缺少对合作社领办人的利益激励机制和行为规范约束。这必然会影响这些人的积极性，甚至可能会导致他们在合作社盈余分配时出现道德风险和逆向选择。调研还发现，北京部分地区的合作社在工商部门登记时不必验资，合作社注册资本可以是“虚拟出资”，一些核心成员主要“出资”也是如此。不难看出，这些负责合作社运营的核心成员在合作社初创时便通过“虚拟出资”，事先直接获取了后期盈余分配的大额权重，明显侵害了其他成员利益。
