为提高农业补贴政策效能，财政部、农业部联合印发《关于全面推开农业“三项补贴”改革工作的通知》，2016年在全国全面推开农业“三项补贴”改革，将农业“三项补贴”合并为农业支持保护补贴，变激励性补贴为功能性补贴、覆盖性补贴为环节性补贴，重点支持耕地地力保护和粮食适度规模经营。这是主动适应经济发展新常态、顺应粮食供求新形势、应对内外部环境新变化的重要举措，有利于提高政策的指向性、精准性和实效性，有利于促进粮食适度规模经营和农村金融加快发展，对增强农民获得感和满意度、促进现代农业发展具有重要意义。
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补贴农业农民是世界通行做法。农作物良种补贴、种粮农民补贴和农资综合补贴等“三项补贴”政策，构建起一套针对性强、含金量高、惠及面广的农业补贴政策体系。农业补贴政策的实施与农业税退出历史舞台，成为国家与农民关系由“取”到“予”的根本性转折，由此开启了我国粮食“十二连增”和农民持续增收的历史新阶段。但随着农业内在条件和外部环境的深刻变化，“三项补贴”政策效应持续递减，政策效能逐步降低，补贴已成为农民普惠的“收入型福利”，已不能适应新形势新要求，迫切需要建立能够更好贯彻“藏粮于地、藏粮于技”战略、更加符合现代农业发展方向、更为精准高效的农业补贴政策体系。
全面推开农业“三项补贴”改革，兼顾了保障粮食数量安全、质量安全和生态安全“三大需求”，符合产出能力安全优先、质量和效益优先、永续发展优先“三个导向”，是供给侧结构性改革在农业生产领域的具体体现。当前，我国农业发展面临的数量与质量、总量与结构、投入与产出、成本与收益、生产与环境等方面的矛盾日益加深，各种短期问题与长期矛盾交织叠加，在粮食供求关系长期偏紧的局面没有根本改变，农业生产成本“地板”持续抬升和农业生态环境保护压力不断加大的背景下，要将粮食产量维持在一个合理区间，将农业供给质量和效率提升到更高层次，同时让资源环境能够得到“休养生息”，农业补贴不仅不能减少，还要进一步强化。
新时期新阶段完善农业补贴政策，关键要在提高补贴精准性和效能上下更大功夫。我国尚不具备全面、大规模补贴支持农业的能力，与发达国家搞补贴竞争，单纯依靠扩大补贴规模来保障粮食安全和提高农业供给质量，既不现实，也不符合世贸组织规则。农业“三项补贴”改革，将政策目标调整为支持耕地地力保护和粮食适度规模经营，抓住了农业实现高质量可持续发展的“主形态”和关键“短板”，也给农民发展绿色农业吃了“定心丸”。加强耕地地力保护的支持，增强了农民保护耕地地力的动力，“用养结合”有利于缓解农业支撑要素紧绷、环境透支等问题，促进农业可持续发展。加强粮食适度规模经营的支持，“谁多种粮食，就优先支持谁”，“种补结合”有利于促进粮食适度规模经营，推动农业规模化、产业化、社会化发展。
“三项补贴”改革是农业政策的又一次重大调整，事关广大农民群众切身利益和农业农村发展大局，事关国家粮食安全和农业可持续发展，要确保改革举措落到实处、产生实效，还需做到“两平衡一协调”：
一是耕地承包主体和经营主体补贴支持的平衡。承包地“两权变三权”后，部分耕地的承包主体和经营主体发生分离，拥有耕地承包权的种地农民只是经营主体的一部分，耕地地力补贴对象原则上是拥有耕地承包权的种地农民，如何做到“谁经营谁保护”，让实际种粮主体成为真正的耕地保护主体，加大耕地保护投入，减少短期行为，还需要有更多政策上的设计。
二是生产环节和产前产后环节补贴支持的平衡。粮食安全和农产品稳定供应不仅是“产”出来的，也是技术进步、加工转化等共同作用的结果。农业补贴重点要稳定生产、提高产能，对产前产后环节也不能忽视。可以结合推进农村一二三产业融合发展，采取贷款贴息、重大技术推广与服务补助等方式，支持农业新型经营主体和服务主体开展农业科研、农产品现代流通等，提升产业链整体效率。
三是农业生产支持补贴与其他相关政策的协调。当前我国农业已经进入高成本、高风险阶段，保障粮食安全面临的两难和多难问题很多，确保农业生产支持补贴真正发挥实效，需要其他配套政策支持。从过去实践看，由于补贴政策与进口管理等政策不协调，出现过补贴惠农效果受到侵蚀的情况。要加强补贴政策与价格支持、进口管理等政策手段的衔接，形成政策组合效应。
“三项补贴”改革不会是农业支持保护制度调整的休止符，要守住“确保谷物基本自给、口粮绝对安全”的粮食安全战略底线，保持农民持续增收好势头，农业补贴制度改革依然在路上。
