针对化肥价格高位运行，而农村盲目施肥普遍、部分地区过量施肥严重的问题，2005年，中央财政设立并实施了测土配方施肥补贴项目。2006年，项目资金规模达到5亿元，在全国31个省份的600个县实施测土配方施肥面积2.6亿亩，全年免费为4000多万农户提供测土配方施肥服务，减少不合理施用化肥50万吨（折纯）左右，化肥利用率比上年提高5个百分点，亩均节本增效25元以上，降低了农业生产成本，保护了生态环境，农作物产量和品质也得到明显提高。
近3年来，测土配方施肥项目坚持"统筹规划、分级负责、整体推进，技术指导、企业参与、农民受益"的原则，突出主要作物、主要区域，在测试土样、配方设计、配肥加工基础上，实行肥料直供到户、施肥指导到田，受到农民群众的普遍欢迎。同时通过制定配方肥定点加工企业招标办法、实行配方肥统一标识和质量追溯制度，改善肥料市场流通秩序，调动了肥料企业参与测土配方施肥的积极性。
