被提及最多的是不同部门之间、中央和地方的利益协调问题。养路费现在由交通路政部门负责，改成燃油税后，税收自然要划入国家税务部门。要实施燃油税，首先要妥善解决这两个部门之间的利益协调问题。另外，现有养路费征收人员如何安置，也是一个问题。
按照我国公路建设“谁建设、谁维护、谁收费”的指导方针，地方政府投资兴建的路桥，所收费用基本纳入地方政府财政。改成燃油税后，一些原本由地方政府收缴的费用将直接收归中央，势必影响地方政府利益，也会影响投资者的投资回报。地方政府将面临现有公路养护、交通基础设施及新增道路建设的问题。
其次是不同行业间的用油平衡问题。虽然汽车行业是用油大户，但是农业、船舶、航空、建筑工地车辆、发电及其他非公路运输车辆的用油问题也不能忽视。开征燃油税将给这些行业带来一定压力。尤其是农机行业，现在对于农用车是不收过路、过桥费的，实施燃油税后如何照顾农民利益，是否会引发相关投机行为，这些问题也需要解决。
第三大难题来自征收环节。关于燃油税在工业生产环节上征收还是在销售环节上征收，业内一直存在争论。在生产环节征收，国内油价比国际油价高，容易导致非法走私更加猖獗；从销售环节征收，全国有10多万个加油站，管理成本巨大，容易产生腐败和偷税漏税等问题。
尽管10年难产，各方专家尤其是汽车行业的专家还是不断呼吁尽快出台燃油税，原因在于燃油税对于我国汽车行业的健康发展至关重要。实施燃油税后，多用油就多缴税，体现了公平原则，可以抑制公路乱收费，还可以引导公众节能。
现在我国已是全球第二大汽车市场，而汽车的家庭普及率还比较低。随着汽车大规模进入家庭，我国的汽车保有量还将有相当可观的增长。相应地，对于石油的需求也会随之增加，环境的压力也会加大。因此，我国的汽车行业必须走环保节能的道路，在保证国家能源安全、环境友好的前提下满足人们日益增长的汽车消费需求。燃油税无疑是推动汽车行业向环保节能方向发展的一个重要手段。
