现行粮食直补、良种和农机补贴、农资综合直接补贴等惠农政策促进了粮食增产和农民增收，但仍存在资金总量不足、补贴范围小、补贴结构不尽合理，资金分散、激励效果低等问题。
2005年我国财政支农资金2975亿元，粮食直补、奖励补贴、良种补贴、农机补贴仅占7.7%，合计不超过230亿元；而用于粮食和棉花流通环节的补贴仍占很大比重，类似流通环节的间接补贴缺乏透明度，补贴效率低下，农民受益较少。为此建议：进一步完善补贴结构，不断增加直补资金量。
进一步扩大农民直接补贴规模和范围，使直补的“特惠制”向“普惠制”推进。在直补方式上，既可考虑不与产量挂钩的直接收入补贴，也可考虑与产量挂钩的直接补贴方式，还可考虑选择某些对增效增收作用明显的生产环节进行补贴，如良种、机耕、机收补贴，推广旱作农业节水灌溉技术补贴等，以改进补贴方式，提高补贴效率。
补贴向农业高新技术推广倾斜。采取多种形式扶持农业高科技的创新，如设立农业新品种、高新技术产业风险基金，采取贴息的方式引导金融部门或企业投资农业高新技术；建立全球农业高新技术信息网；以股本投入的方式，为农业科技企业提供资本金支持；加大对龙头企业的直接科研资助等。
扩大补贴政策范围。在原有分项补贴基础上，建立和完善诸如退耕还林、禁牧休牧生态补偿机制，农业灾害保险制度，农业和农村资源循环利用和环境保护补贴政策，农村小额贷款财政贴息政策等。
实施农民科技培训补助。每年安排一定的资金，用于骨干农民的科技培训补助。
尽快制定农业补贴条例。将一些行之有效的农业补贴政策法制化、制度化，通过法律法规对农业补贴预算予以硬性约束，加强和稳定农业补贴政策。
