8月27 日，国家审计署负责人在向全国人大常委会报告 2007 年度中央预算执行和其他财政收支的审计情况时说，根据对 16 个省(区)的 50 个县(市、区)2006 年中央支农专项资金管理情况的重点审计调查，发现中央支农专项资金管理存在资金分配分散、分配层次多及被挤占挪用等问题。
审计署报告中所说的这些问题，都是由来已久的老问题。之所以资金分配分散、分配层次多，说到底，就是因为政府相关部门不愿意放弃自己掌管的中央支农专项资金的那一部分管理权、不愿意改变目前的资金管理方式，而根源就是这一管理权带来的部门既得利益。
目前，从中央到省、市、县，都有 20 个左右的部门参与资金分配和管理，每个部门负责分配数量不等的专项资金，导致多头管理，多渠道分配，项目点多面广、资金比较分散，相当一部分存在交叉重复。50 个县收到的按项目管理的 23.8 亿元支农专项资金，分散投向了 4.5 万个实施项目。
笔者在一些地方调研时常常听到地方官员抱怨，比如说扶持农民专业合作社的专项资金，农业部门有，财政、工商、商务、供销合作社等部门也有。农村劳动力培训也是，除了农业部门，教育、科技、社会保障部门也有。虽然不同部门的要求有不同，但同样的事情为什么不能一起做呢？ 在许多地方，实际上也很难分开来做，培训农村劳动力，一个县只有一所培训学校，只能多挂几个牌子而已。
一些地方仍存在挤占挪用专项资金的问题，有的时候也是目前的体制造成的。比如说，通常中央支农专项资金都需要有地方资金的配套，如果没有资金配套，上边拨付的专项资金就要被冻结，有的地方往往因为配套资金很难到位而导致中央专项资金长期冻结。在这样的情况下，有的地方因为别的方面急于用钱，有的领导便会冒着违纪的“风险”挪用专项资金。
对于中央支农专项资金分配分散的问题，为什么情况一直没有改变呢？不能不说，这是部门利益在起作用。在许多地方，“跑部‘钱’进”就是官员们的重要甚至最重要的工作，而跑钱的办法除了按需“说辞”无非是找关系送礼行贿。而在缺乏有效的监督机制的情况下，支农专项资金的审批制度客观上提供了寻租的可 能性，就难免有官员会谁给好处就批给谁。所谓“部门”，当然就是 由一个个掌握着这样的审批 权的官员所组成，放弃“专 项资金”的 管理权或者改变管理方式，谁还会来“跑部”呢？ 审计报告讲到，“目 前中央支农专项资金分配大多采取层层上报项目，再由中央、省有关部门选择确定并直接分配到具体项目的工作机制”，这是说 相同部门在不同层级“分享”着中央支农专项资金管理权带来的部门利益。
不同部门的支农资金不能整合使用，不仅降低支农资金使用的效率和效益，不仅导致腐败，还使行政效率严重降低。审计报告中讲到，目前中央支农专项资金层层报批机制导致申报时间长、资金拨付迟缓，50个县(市、区)申报的 4 万多个项目中，从项目申报到批复历时 6 个月以上的占 39% ，从项目批复到资金到位历时 6 个月以上的占32% 。50 个县的中央支农专项资金，有 45% 是第四季度收到的，还有 4.5 亿元当年未收到。行政效率如此之低，如果还够不上玩忽职守的话，至少已经包含行政不作为了。(蔡永飞)
