按照农业部学习实践活动的总体安排，部学习实践活动办公室在充分征求意见的基础上，制定下发了《关于创新体制机制促进农业农村经济科学发展的工作方案》，要求结合学习实践活动分析检查、整改落实阶段的工作，围绕建立健全保障农业农村经济科学发展的体制机制，认真抓好落实，确保学习实践活动取得实效。
农业部强调，要紧紧围绕科学发展主题，结合农业农村经济发展要求和自身建设实际，以开展深入学习实践科学发展观活动为契机，以解决影响和制约科学发展的突出问题为出发点，以构建有利于科学发展的体制机制和规章制度为重点，通过建章立制、完善体制机制，健全保障和促进科学发展的制度体系，营造贯彻落实科学发展观的良好环境，为发展现代农业、建设社会主义新农村提供有力支撑。要通过制订一批办法、出台一批政策、完善一批制度、编制一批规划，加快制度建设步伐，构建保障粮食等主要农产品有效供给的长效机制，建立支撑农业农村经济又好又快发展的行政管理和公共服务体制，完善科学高效的宏观调控和应急处理机制，健全公正、廉明的农业行政执法体制和规范有序的内部运转机制，着力解决影响农业农村经济科学发展的制度缺失等突出问题。
农业部提出在18个方面着力推进体制机制创新。通过推动完善农产品价格支持保护体系，加强农产品产销衔接，完善农业补贴制度等措施，进一步强化稳定农产品价格、促进农民持续增收的政策；通过加强土地承包经营权流转管理和服务工作、加快相关立法进程等措施，稳定和完善农村基本经营制度；通过抓紧实施粮食战略工程，研究制订实施新一轮菜篮子工程的意见等措施，推动建立保障粮食等主要农产品有效供给的长效机制；通过普遍健全乡镇或区域性农业技术推广等公共服务机构、深入推进农业技术推广工作等措施，加快农业科技体制创新；通过编制《农产品产地批发市场建设规划》、构建应急信息采集机制及农产品市场预警机制、研究制订农产品加工业统计制度等措施，健全农产品市场体系，完善信息收集和发布制度；通过研究制订《农业部关于加强农产品质量安全监管工作的意见》、出台《农业标准化管理办法》、开展“农产品质量安全执法年”活动等措施，推进农产品质量安全监管体制改革；通过建立官方兽医和职业兽医制度等措施，加快兽医管理体制改革；通过加强重大动植物疫病防控、普遍健全乡镇或区域性动植物疫病防控公共服务机构等措施，建立健全重大动植物疫病防控机制；通过配合制订《农业机械安全监督管理条例》、会同有关部委起草《国务院关于促进农业机械化和农机工业又好又快发展的意见》等措施，加快完善农业机械化扶持政策和管理法规体系；通过加强对外商投资农作物种子企业问题的研究等措施，进一步规范种子产业发展；通过研究制订《关于推进农垦体制改革的意见》，深化农垦管理体制改革；通过积极参与农业国际标准制订等措施，建立健全农产品进出口宏观调控机制；通过多渠道筹集草原生态效益补偿资金，研究建立草原生态补偿机制等措施，加快建立健全农业可持续发展机制；通过研究制订《农业部关于全面加强农业执法的意见》、加强农村法制建设等措施，进一步加快建立权责明确、行为规范、监督有效、保障有力的农业行政执法体制；通过制订农业部重大事项督查督办工作规则等措施，加快建立职能明确、权责一致、运转协调的机关运行机制；通过完善干部考核任用制度等措施，深化部系统干部人事制度改革；通过加强农业建设项目监督管理等措施，完善农业部党风廉政建设机制；通过推动建立中央强农惠农政策落实情况监督机制等措施，加强农业系统政风行风建设。
农业部要求，各单位要高度重视，在已有工作基础上，深入研究，着力推进，务求实效。要充分认识完善、创新体制机制工作的重大意义，把体制机制创新工作摆在重要位置，明确时间进度，组织专门力量抓好落实。凡属农业部职责范围内的事项，要抓紧出台；对涉及多部门的事项，要加强协调，形成共识，推动解决；对需报请国务院决定的事项，要认真研究，尽快形成高质量的建议。
