农业部高度重视台风防御工作。8月4日“莫拉克”生成后，农业部迅速以明传电报形式下发了紧急通知，要求可能受台风影响的省（区、市）农业部门，密切关注台风动态，加强应急值守，提前部署防御，抓好措施落实，最大限度减轻台风影响和损失。8月6日下午，农业部又紧急召开了防汛抗旱领导小组会议，传达贯彻回良玉副总理重要批示和国家防总会商会精神，宣布启动防台风三级应急响应，进一步部署落实“莫拉克”防御措施。
当前，东南沿海地区正值夏秋农业生产的关键季节。中稻正在陆续抽穗扬花，晚稻移栽尚未结束，强风暴雨将对水稻生产造成不利影响；水稻病虫害正处于高发易发期，动物疫病即将进入秋季流行期，台风带来的气流和高温高湿将加重动植物疫病虫害的流行；东海海域正在伏季休渔，港内渔船较为集中，部分渔港难以抗御强风，面临迁港压力；南海海域休渔结束后大批渔船已经出海，台风可能危及出海渔船和渔民人身安全；东南沿海养殖鱼排、网箱设施和养殖人员比较密集，都面临着台风的严重威胁。“莫拉克”带来的强风暴雨将给农业生产造成严重影响。
农业部对“莫拉克”防御工作进行了再部署、再落实。要求各有关单位和各级农业部门务必高度重视，对台风可能造成的影响要有足够认识和充分准备，迅速落实三级应急响应的相关工作措施，确保防御工作部署到位、措施到位。
一是迅速将回良玉副总理的重要批示精神和国家防总的部署传达到相关省（区、市）农业部门，对防御工作进一步提出明确要求。
二是立即派出两个由司局级负责同志带队的防台工作组，深入浙江、福建防台第一线，重点督促落实渔船回港避风和人员上岸避险等渔业防台措施。待台风登陆后，根据受灾情况，再适时派出救灾工作组和专家指导组，帮助灾区评估灾情、恢复生产。
三是做好渔船回港避风和人员上岸避险工作，要通知到船，落实到人，不落一船，不漏一人，随时掌握渔船回港和人员上岸的动态情况，确保在台风登陆前全部安全转移。对正处在集中休渔期且防风能力不足的渔港，要迅速做好渔船迁港避风工作。
四是抓紧抢收成熟作物，加固温室大棚等栽培设施，及时疏浚田间沟渠，防止发生大面积内涝。
五是加强水稻“两迁”害虫监测预报，提早做好防控准备。落实动物秋防免疫措施，防止灾后重大动物疫病暴发流行。
六是加强应急值守，坚持24小时值班，确保信息畅通，实行灾情日报制度，及时调度反映防台措施落实和台风影响及损失情况。
